今天发表评论的时候发现服务器报错HTTP ERROR 405，查了一下Google没发现什么解决办法。索性就坡下驴，转换为DISQUS评论系统。 在插件中搜索Disqus，安装之。随后在后台菜单侧栏会出现Disqus标签（我在设置里面找了半天会告诉你吗），然后根据向导操作即可。 安装完成后，自动取代WordPress自带的评论功能，还可以一键导入WordPress已有评论，简直不能太方便。 OK， … 阅读全文 →

既然说到 Git，GitHub 你一定是了解的。GitHub 对于私有仓库是收费的。如果你项目还在进行中，需要一个仓库却又不想付高昂的服务费。使用自己的服务器当然也是可以的，而且很方便。 自己的服务器可以是阿里云这样的主机服务商，也可以是你能访问的任意一台Linux主机。只要能够 SSH 登录即可。 […] 如果你的文件目前存储在服务器端，想在本地开展工作并使用服务器同步更新，可以参 … 阅读全文 →

例如下面这个样子: # 可重复运行的代码拿去 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(ggplot2) data(geneList, package = "DOSE") gene <- names(geneList)[abs(geneList)>3] gene.df <- … 阅读全文 →

𝕧egdist 提供了多个计算差异度的算法。这些算法自然是各有各的适用范围。对于同一个数据集，其结果有什么直观上的差异呢？ library(vegan) library(pheatmap) library(cowplot) data("varespec") dist.methods <- c("manhattan", … 阅读全文 →

ℚuantStudio Real-Time PCR software 是我们经常使用的 RT-PCR 软件, 它上面的可视化只能简单看看, 不满足发论文的需求. 如果需要得到发表级的图片, 还是需要 用 ggplot 大法加持. 为了能够使用这些数据, 首先需要导出文件. 为了方便操作, 文件导出时, 选择 *.txt 格式, 每个面板导出成一个单独文件. 将文件放在 data 文件夹中. … 阅读全文 →

上次提及 PCA 分析的方法有很多种。那不同方法之间的得到的结果会有差异吗？ 最近采用 PCA 分析 RNA-seq 样本之间的差异，得到了下面的结果。 […] 生成一个含有 1000 个基因, 27 个样品的数据集. 这 27 个样品来自于 3 个基因型(WT, Mutant1, Mutant2), 3 种处理(CK, Trt1, Trt2), 共分为 \(3 * 3 = 9\) … 阅读全文 →

有一个数据分析的小项目，使用Git记录分析过程。 在添加了一些文件、删除了一些文件之后，在RStudio的Git标签页下面点击复选框Stage，界面失去响应。反复重启，仍然如此。 上网查了一下，确实很多人吐槽类似的问题。 不过，在当前Git目录下打开Git GUI使用，一切正常。 RStudio的Git GUI性能确实比较差。 阅读全文 →

给自己的网站添加SSL证书其实并不复杂，但是关键一点就是首先要拥有一个SSL证书。由于SSL证书价格不菲，很多个人站长会选择放弃使用Https。但是，自从开源、免费的Let’s Encrypt证书出现后，我觉得SSL也是我们草根站长可以玩的了。 https://blog.csdn.net/ithomer/article/details/78075006 […] … 阅读全文 →

相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordination analysis）。 排序分析（ordination analysis），最早是生态学（ecology）中研究群落（communities）的一大类多元分析手 … 阅读全文 →

𝕝ibrary(vegan) ## Loading required package: permute ## Loading required package: lattice ## This is vegan 2.6-4 data("varespec") pca <- rda(varespec) 首先看一下结果： summary(pca) ## ## Call: ## … 阅读全文 →