生物软件 BIO-SOFTWARE

静音Office Lens快门声音

2018-03-27 gaoch
𝕆ffice Lens的快门声在一些手机上(比如我的Le2)无法关闭,这严重影响了该软件的使用。在Google上面查找,始终找不到解决方案,而只是一些吐槽。 […] 大家对微软已经无力吐槽了。 机智如我,自然要想个办法。经过广泛调研,深入研究,最终得到解决方案。 具体思路是:将快门声音对应的音频文件设为无法访问。 安装Root Explorer,定位 … 阅读全文 →

Zotero中分类包含子分类

2017-12-04 gaoch
ℤotero中可以将不同文献分门别类,放在不同的文件夹中,称为(collection)。同时文件夹中还可以创建子文件夹,称为subcollection。默认情况下,除非你将对应条目添加到父文件夹中,否则子文件夹中的条目在上一级文件夹中并非是可见的。这不符合我们的使用习惯。 如何在上一级文件夹中包含下属文件夹中的所有文献信息呢?答案就是设置一个参数。 这个参数在高级设置里面。打开方式如下图: … 阅读全文 →

Windows系统中固定R的Library目录

2017-11-02 gaoch
每次R语言版本更新,都在Windows下面新安装一个目录,原来的Library无法继续使用。 通过设置R的环境变量,可以实现将R_LIBS_USER固定到一个地方。 在Linux系统中,方法很简单,只需要在~/.Rprofile文件中指定 R_LIBS_USER='~/Library/R' 在Windows下设置R_LIBS_USER的一个途径是 … 阅读全文 →

Origin:使用上标、下标、数学公式和希腊字母等特殊格式的文本

2017-06-21 gaoch
𝕆rigin是一个优秀的科学作图软件。在实际使用过程中,经常需要在坐标轴标签(Tick Label,axis label)中使用诸如上标、下标等特殊格式的文本。坐标轴标签可以直接用其中的内置编辑器,然而常用的Tick Label则一直不清楚如何设置。 那么,如何在Tick Label中使用特殊格式的文本呢?答案在于Origin提供的一系列格式化函数中。 […] 如图所示,Origin … 阅读全文 →

Zotero: 标签的使用技巧

2016-12-22 gaoch
选中多个条目,拖动到左侧标签列表中即可。 […] 用鼠标右键单击任一标签,选择设置颜色,可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个,分别是数字1-6。设置之后,可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签,非常方便。 阅读全文 →

适合制作PowerPoint报告时候使用的Zotero引文样式

2016-10-25 gaoch
我定制了一个Zotero样式,特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。 在引用时,显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时,最多仅显示3个作者,多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。 把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。 使用时,先选择一个或多个文献条目,然后点击右键,选择“由所选条目创建引文目录…”。 […] 在打开的窗口中 … 阅读全文 →

STAMP: unknown error – Unicode encode error

2016-05-29 gaoch
𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比,感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果(MiSeq/454)出发直到分析结果的一整套流程,但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy,numpy,matplotlib等Python库的支持,它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 … 阅读全文 →

biom 格式

2016-05-26 gaoch
官方网址:http://biom-format.org/index.html 格式说明:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。 […] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式,扩展名建议是*.biom, … 阅读全文 →

MetaPhlAn:利用宏基因组分析种群结构

2016-03-20 gaoch
宏基因组中包含了环境中各种微生物的基因组信息,理论上可以得出种群结构。该如何利用宏基因组高通量测序数据分析种群结构呢?是不是要从中提取16S rRNA的数据, 组装之后使用Mothur或QIIME分析呢? MetaPhlAn有一个不一样的想法。 […] MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of … 阅读全文 →

mothur and QIIME

2016-02-09 gaoch
说明:mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理,以飨读者。 原文链接在这里:http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者:这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章,作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →