因为“包治百病”，所以每个人都会到需要写包的时候。作为一个讲原则的开发者，Hadley Wickham 的写包指南还是要看一下的。写包，“so easy！” […] # 在指定路径创建一个包的骨架，包括文件夹结构和配置文件 create_package("~/path/to/foofactors") # 初始化 git use_git() # 在 R 目录下面新建 … 阅读全文 →

这个错误有点怪怪的。打开rmarkdown脚本运行时，会一直出现Error: option error has NULL value的提示，电脑基本也会卡死。 这个错误是在从R 3.5升级到3.6之后出现的。 其解决方法也很简单，就是升级RStudio软件。不过，发行版的RStudio软件并没有解决这个问题，需要使用preview版本的。 Preview版本的链接有点不大好找，在这 … 阅读全文 →

本文曾经发表在 biobabble 微信公众号 链接 ggplot在绘制label的时候很容易出现字体溢出，位置难以调整的问题。Y叔曾经在公众号上吐槽过。 实际上，标签如何在图片中展示，还真不是一个简单的问题。有一个领域“Automatic label placement”就是研究该问题的。 下面介绍一下如何处理这个标签定位的问题。 […] 我们从mpg数据集中提取10行数据画图，默 … 阅读全文 →

𝕋ibble 和 Data.frame 一般可以通用，但是 Tibble 中含有的分组信息，如果不注意，有时可能会引起错误。 […] > error_rate_summary # A tibble: 81 x 8 # Groups: enzyme, nps [27] id enzyme nps rep type Error_Rate mean std <fct> … 阅读全文 →

本文是我在华中农业大学JC Bioinformatics 2018暑期生物信息学培训班上的讲义 […] 原核转录组课程讲授利用RNA-seq方法研究细菌基因组中基因表达差异的原理和方法。课程中不仅介绍了RNA-seq生物信息学分析的内容，还对RNA-seq的原理、文库构建等湿实验进行解读。 为了降低学习门槛，课程中的实例取自公开发表的细菌基因组，但是这不意味着相关原理和方法不能应用于 … 阅读全文 →

服务器网页显示：内部错误500，在日志文件中：/var/log/apache2/error.log提示以下错误： Invalid command 'php_value', perhaps misspelled or defined by a module not included in the server configuration Google了半天，没有查到可用的解决方案。考虑到之前做了服务 … 阅读全文 →

腾讯云开发平台几大优势： […] 对于已有的Git项目，可以通过下列途径关联。 # 首先在服务器控制面板创建一个同名项目 # 参考这里：https://dev.tencent.com/help/git-import-tencentcloud # 事实上，不用这么麻烦 git remote rm origin git remote add origin … 阅读全文 →

今天发表评论的时候发现服务器报错HTTP ERROR 405，查了一下Google没发现什么解决办法。索性就坡下驴，转换为DISQUS评论系统。 在插件中搜索Disqus，安装之。随后在后台菜单侧栏会出现Disqus标签（我在设置里面找了半天会告诉你吗），然后根据向导操作即可。 安装完成后，自动取代WordPress自带的评论功能，还可以一键导入WordPress已有评论，简直不能太方便。 OK， … 阅读全文 →

既然说到 Git，GitHub 你一定是了解的。GitHub 对于私有仓库是收费的。如果你项目还在进行中，需要一个仓库却又不想付高昂的服务费。使用自己的服务器当然也是可以的，而且很方便。 自己的服务器可以是阿里云这样的主机服务商，也可以是你能访问的任意一台Linux主机。只要能够 SSH 登录即可。 […] 如果你的文件目前存储在服务器端，想在本地开展工作并使用服务器同步更新，可以参 … 阅读全文 →

例如下面这个样子: # 可重复运行的代码拿去 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(ggplot2) data(geneList, package = "DOSE") gene <- names(geneList)[abs(geneList)>3] gene.df <- … 阅读全文 →