将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据： […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera … 阅读全文 →

科学计数法（1E+5）这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多，一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数：options(scipen = 200) 。 非常好用。 阅读全文 →

每次听讲座时，总是会把感兴趣的内容用手机拍摄下来。随后整理归纳成相应的报告PPT。以前都是一张张添加，今天发现了一种批量添加的方法。 新建一个PowerPoint文档，选择插入 –》 相册，指定目录，导入图片，点击“确定”就一气呵成了。使用图片工具将图片压缩之后，存放备查。十分方便。 […] 参考资 … 阅读全文 →

每次R语言版本更新，都在Windows下面新安装一个目录，原来的Library无法继续使用。 通过设置R的环境变量，可以实现将R_LIBS_USER固定到一个地方。 在Linux系统中，方法很简单，只需要在~/.Rprofile文件中指定 R_LIBS_USER='~/Library/R' 在Windows下设置R_LIBS_USER的一个途径是 … 阅读全文 →

𝕎indows最近发了个大更新。自国庆节期间更新系统之后，50G的系统盘已经几乎被填满了。Windows就是这么臃肿，越用越慢。这方面真是大不如Linux。用了几年的Ubuntu根目录才1G左右，简直把Windows吊打的渣都不剩。 吐槽归吐槽，但是还是不得不着手对系统进行清理。 首先打开系统自带的磁盘清理工具，19.2G的Windows.old清理之后，感觉清爽了不少。 其次，打开磁盘占用分析神 … 阅读全文 →

对于内存比较小的ECS来说，开启swap可以避免偶尔的内存溢出。 #查看内存和虚拟分区情况 free -h #创建虚拟分区(1GB) dd if=/dev/zero of=/mnt/swap bs=1M count=1000 mkswap /mnt/swap #启用swap swapon /mnt/swap echo 10 > /proc/sys/vm/swappiness #查看swap … 阅读全文 →

𝕆rigin是一个优秀的科学作图软件。在实际使用过程中，经常需要在坐标轴标签（Tick Label，axis label）中使用诸如上标、下标等特殊格式的文本。坐标轴标签可以直接用其中的内置编辑器，然而常用的Tick Label则一直不清楚如何设置。 那么，如何在Tick Label中使用特殊格式的文本呢？答案在于Origin提供的一系列格式化函数中。 […] 如图所示，Origin … 阅读全文 →

解决方案如下： […] 主要代码如下： bp_genbank2gff3 --GFF_VERSION 3 file.gb awk '$3!~/pseudo/' file.gb.gff > file.rsem.gff # or more restrictly with only protein coding genes awk … 阅读全文 →

选中多个条目，拖动到左侧标签列表中即可。 […] 用鼠标右键单击任一标签，选择设置颜色，可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个，分别是数字1-6。设置之后，可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签，非常方便。 阅读全文 →

我定制了一个Zotero样式，特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。 在引用时，显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时，最多仅显示3个作者，多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。 把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。 使用时，先选择一个或多个文献条目，然后点击右键，选择“由所选条目创建引文目录…”。 […] 在打开的窗口中 … 阅读全文 →