其它

fastq format – sra format

2012-08-21 gaoch
𝕗astq格式与fasta格式相同的一点在于它们都是文本格式,不同之处在于前者提供了测序质量等更多的信息,而后者仅仅能提供序列(前者也提供序列)。 […] FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its … 阅读全文 →

在Ubuntu环境中设置Bowtie

2012-08-20 gaoch
什么是Bowtie?What is Bowtie? […] Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner geared toward quickly aligning large sets of short DNA sequences (reads) to large genomes. It aligns … 阅读全文 →

生物信息学中的 SAM 格式介绍

2012-08-16 gaoch
𝔽ollowing is a brief description of the SAM format as output by bowtie when the -S/–sam option is specified. For more details, see the SAM format specification. When -S/–sam is specified, bowtie … 阅读全文 →

MatLab中国地图进阶:以不同的颜色表示各省数据的差异

2012-06-05 gaoch
使用MatLab绘制中国地图十分方便,我在前文中已经有相应阐述。实际应用中,我们常常需要将不同的区域以不同的颜色展示出来,这就是本文要阐述的内容。 本文使用MatLab将各省人口数据展示出来,人口越多颜色越黄,人口越少颜色越绿。最终结果如下图所示(点击看大图)。 绘制过程如下: […] %-- 分省中国地图在MATLAB中的画法 --% % Author: … 阅读全文 →

the_content()和the_excerpt()

2012-06-05 gaoch
这是wordpress中用以提取post内容的常用函数。它们用法基本相同,很多时候可以相互取代,分别用于显示post全部内容和post摘要。 然而,事实上在应用中它们最大的区别在于,前者输出格式化的内容,而后者则输出文字(格式错乱,没有超链接,换行,样式定义等)。所以,大多数时候,我只用前一个函数。 有些主题作者喜欢用the_excerpt()(特别是在分类列表中),我常常将其改 … 阅读全文 →

删除Zotero自动生成的Tags或关键词

2012-03-14 gaoch
添加项目时,Zotero默认将关键词以Tag的形式加入,这样可以快速的查看与某一关键词相关的条目。可是自动加入的Tag或关键词有太多太多,时间一长,Zotero数据库中会产生成百上千个关键词或Tag,导致其失去了便于检索的应用价值。 所以,建议在取消该选项,而改为人工添加更加简单易记的关键词或Tag。 那么,对于已经存在的Tag如何一下子全部删除呢?按照下面的步骤操作即可。 […] … 阅读全文 →

使用正则表达式匹配DOI

2012-03-10 gaoch
先看几个DOI的例子: […] 可以看出,DOI的编码以“10”开始,可以含有数字]0-9],小数点,斜杠等分隔,但是其中不会出现空格。鉴于此,在perl中使用以下正则表达式匹配: [cc lang=”perl”] $str1 =~ /10\.[^\s\/]+\/[^\s]+/; # borrowed from Zotero $str2 =~ … 阅读全文 →

解决Windows XP SP3系统中播放flash没有声音的故障

2012-03-07 gaoch
这是一个很诡异的故障,我在网络上查探了多日,中英文解决方案参考了无数,却仍然没有解决。最终,通过自己的实践,发现了一个简单的解决方案。 故障的情形如下: […] 既然你来到这里,肯定参考了网络上广为流传的关于在注册表中添加一个项目“msacm32.drv”的文章,我也是在相应的位置:HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows … 阅读全文 →

使用poEdit汉化wordpress插件、主题攻略

2012-02-26 gaoch
关于“.pot”文档、“.po”文档和“*.mo”文档的来历见上面图片。 简而言之,这是一个开源软件本地化(或者国际化)的系统。而且是一个能够自动化运行的系统。使用该系统仅仅需要一个前提,就是在调用文本相关的函数时遵循一个特定的约定。例如WordPress 使用 _e 和 __ 函数来本地化。如下所示: [cc lang=”php”][/cc] 现在要汉化一个插件或者主题,就打开源文件,看看是否存 … 阅读全文 →

WordPress开发实录

2012-02-25 gaoch
如果遇到后台编辑文件时没有发现“更新文件”菜单时,可能是文件没有权限被“www-data”用户修改造成的; WordPress主题的执行顺序,见:http://ihacklog.com/php/wordpress/dig-into-wordpress/the-wordpress-theme-files-execution-hierarchy.html […] 更改一个主题CSS文件 … 阅读全文 →