其它

Origin:使用上标、下标、数学公式和希腊字母等特殊格式的文本

2017-06-21 gaoch
𝕆rigin是一个优秀的科学作图软件。在实际使用过程中,经常需要在坐标轴标签(Tick Label,axis label)中使用诸如上标、下标等特殊格式的文本。坐标轴标签可以直接用其中的内置编辑器,然而常用的Tick Label则一直不清楚如何设置。 那么,如何在Tick Label中使用特殊格式的文本呢?答案在于Origin提供的一系列格式化函数中。 […] 如图所示,Origin … 阅读全文 →

RSEM: rsem-prepare-reference with NCBI GenBank/GFF3 File

2017-06-01 gaoch
解决方案如下: […] 主要代码如下: bp_genbank2gff3 --GFF_VERSION 3 file.gb awk '$3!~/pseudo/' file.gb.gff > file.rsem.gff # or more restrictly with only protein coding genes awk … 阅读全文 →

Zotero: 标签的使用技巧

2016-12-22 gaoch
选中多个条目,拖动到左侧标签列表中即可。 […] 用鼠标右键单击任一标签,选择设置颜色,可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个,分别是数字1-6。设置之后,可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签,非常方便。 阅读全文 →

适合制作PowerPoint报告时候使用的Zotero引文样式

2016-10-25 gaoch
我定制了一个Zotero样式,特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。 在引用时,显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时,最多仅显示3个作者,多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。 把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。 使用时,先选择一个或多个文献条目,然后点击右键,选择“由所选条目创建引文目录…”。 […] 在打开的窗口中 … 阅读全文 →

STAMP: unknown error – Unicode encode error

2016-05-29 gaoch
𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比,感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果(MiSeq/454)出发直到分析结果的一整套流程,但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy,numpy,matplotlib等Python库的支持,它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 … 阅读全文 →

biom 格式

2016-05-26 gaoch
官方网址:http://biom-format.org/index.html 格式说明:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。 […] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式,扩展名建议是*.biom, … 阅读全文 →

作图神器PowerPoint:三角瓶

2016-03-22 gaoch
ℙowerPoint其实是一个作图神器,加上一点技巧,加上一点耐心,可以作出高水平的科技图片。 PowerPoint 2010版本以后,隐藏了一个“强悍的形状工具”,使得我们可以通过烧脑想想,动手作出很多实用的形状来。打开方法在这里:百度经验 […] 如下图所示,便是绘制一个三角瓶的主要步骤。 很好很强大,是不是? 阅读全文 →

MetaPhlAn:利用宏基因组分析种群结构

2016-03-20 gaoch
宏基因组中包含了环境中各种微生物的基因组信息,理论上可以得出种群结构。该如何利用宏基因组高通量测序数据分析种群结构呢?是不是要从中提取16S rRNA的数据, 组装之后使用Mothur或QIIME分析呢? MetaPhlAn有一个不一样的想法。 […] MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of … 阅读全文 →

Letter 2: On Discursiveness in Reading

2016-02-14 Lucius Annaeus Seneca
𝕁udging by what you write me, and by what I hear, I am forming a good opinion regarding your future. You do not run hither and thither and distract yourself by changing your abode; for such … 阅读全文 →

mothur and QIIME

2016-02-09 gaoch
说明:mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理,以飨读者。 原文链接在这里:http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者:这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章,作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →