创建几个基本的变量。 v = 1:24 m = matrix(v, nrow = 4) a = array(v, dim = c(2,3,4)) 这些变量都保存了 1 - 24 这几个数字。不过，它们所属的类是不同的。 v ## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 m ## [,1] [,2] … 阅读全文 →

本文是我在华中农业大学JC Bioinformatics 2018暑期生物信息学培训班上的讲义 […] 原核转录组课程讲授利用RNA-seq方法研究细菌基因组中基因表达差异的原理和方法。课程中不仅介绍了RNA-seq生物信息学分析的内容，还对RNA-seq的原理、文库构建等湿实验进行解读。 为了降低学习门槛，课程中的实例取自公开发表的细菌基因组，但是这不意味着相关原理和方法不能应用于 … 阅读全文 →

ℚuantStudio Real-Time PCR software 是我们经常使用的 RT-PCR 软件, 它上面的可视化只能简单看看, 不满足发论文的需求. 如果需要得到发表级的图片, 还是需要 用 ggplot 大法加持. 为了能够使用这些数据, 首先需要导出文件. 为了方便操作, 文件导出时, 选择 *.txt 格式, 每个面板导出成一个单独文件. 将文件放在 data 文件夹中. … 阅读全文 →

相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordination analysis）。 排序分析（ordination analysis），最早是生态学（ecology）中研究群落（communities）的一大类多元分析手 … 阅读全文 →

本分析方法来在2018年在 ISME J 发表的一篇论文1，原来的分析是用 Mathematica 做的，我尝试在 R 里面实现它。 […] Mallon CA et al. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away … 阅读全文 →

将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据： […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera … 阅读全文 →

解决方案如下： […] 主要代码如下： bp_genbank2gff3 --GFF_VERSION 3 file.gb awk '$3!~/pseudo/' file.gb.gff > file.rsem.gff # or more restrictly with only protein coding genes awk … 阅读全文 →

我定制了一个Zotero样式，特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。 在引用时，显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时，最多仅显示3个作者，多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。 把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。 使用时，先选择一个或多个文献条目，然后点击右键，选择“由所选条目创建引文目录…”。 […] 在打开的窗口中 … 阅读全文 →

𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比，感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果（MiSeq/454）出发直到分析结果的一整套流程，但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy，numpy，matplotlib等Python库的支持，它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 … 阅读全文 →

官方网址：http://biom-format.org/index.html 格式说明：http://biom-format.org/documentation/biom_format.html biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。 […] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式，扩展名建议是*.biom， … 阅读全文 →