前面一次提到的新版EndNote中令人振奋的获取全文功能，有一点小小的弱智，有的全文明明可以下载下来，它却无能为力。比如说J Bacterial的论文，有时候就下载不下来。
新版的EndNote使用起来速度明显比较慢，这一点让我这个有“快癖”的用户感觉很是不爽。
EndNote中引入了智能分组，并将自定义分组、智能分组、快捷搜索网络文献数据库的链接放到左侧边栏，用起来有点不舒服。特别是当分组很多时，搜索的快捷方式已经被挤到下面看不到的地方，如果要用还得去拖到滚动条——这已经不那么方便了。还有所谓的smart group，好像有点多余和重复的意味。
还有就是远程数据库的搜索结果直接进入EndNote数据库的做法让人很不感冒，以前的版本中，都是要经过用户选择，才被移动的数据库中的。现在可好，一不留神，多出来一大坨文章出来。