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使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

2011-07-20 gaoch
𝔹ioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。(另请参考:进化树大杀器MEGA的使用) 首先,打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示: 然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”,会弹出下一个对话框,设置一些程序运行的参数。 … 阅读全文 →

紫外线灯管(紫外线杀菌灯)的构成和原理

2011-07-17 gaoch
紫外线灯管的构成和原理 紫外线杀菌灯(UV灯)实际上是属于一种低压汞灯,和普通日光灯一样,利用低压汞蒸汽(<10-2Pa)被激发后发射紫外线。 不同的是日光灯的灯管采用的是普通玻璃,254nm紫外线不能透出来,只能被灯管内壁的荧光粉吸收后激发出可见光。如果改变荧光粉的成分和比例,它就可以发出我们通常所见的不同颜色的光。 **1、发光原理。**紫外线光在水银放电管中产生。水银放电管是包含两个电 … 阅读全文 →

使用shell删除文本中的重复行

2011-07-16 gaoch
使用uniq命令得到不重复的行 现有文件如下: ————————————————— my friends, chenhong my friends, chenhong my friends, chenhong my teacher, liyong my teacher, liyong my teacher, liyong my father, wuzhongyi my father, … 阅读全文 →

使用Matlab画中国地图

2011-06-28 gaoch
使用Matlab绘制中国地图十分方便,使用Mapping工具箱中的几条命令。 介绍如下: 设置坐标轴:setm命令。 因为地球是圆的,所以地图的绘制涉及到投影的问题,跟普通的2-D或者3-D作图差别明显。setm命令专门用来设置map axis。例如: [cc lang=”matlab”] ax=worldmap(‘china’); %worldmap命令生成一个map axis,其各项属性可以 … 阅读全文 →

在MATLAB中创建色彩绚丽的柱状图

2011-06-25 gaoch
首先,看一下效果图。 默认条件下的柱状图 漂亮的柱状图 渐变着色的柱状图 代码如下: [cc lang=”matlab”] % 彩色柱状图 %% 用到的数据 n = 13; Z = rand(n,1); %% 默认图片 bar(Z); %% 简单的作图 % 这个图根据数据列中值的大小着色。每列中的 % 值越大,颜色越突出 figure h=bar(Z); colormap(summer(n)); … 阅读全文 →

在windows中获得Linux使用环境

2011-06-25 gaoch
𝕙ttp://www.virtualbox.org/ http://www.cygwin.com/ http://unxutils.sourceforge.net/ Linux系统中的一些优越性特别是bash的优越性是windows系统不具备的。然而Linux运行在PC上,却又无法提供如Windows般的优越的用户界面,特别是office之类的常用软件。 为了同时得到Windows和Linux提供 … 阅读全文 →

私密:有见地《建党伟业》影评

2011-06-21 gaoch
源地址:http://blog.renren.com/GetEntry.do?id=732997367&owner=262715242 […] 《建党伟业》从开拍到现在都没什么好评,全是调侃和负面的言论吧,15号首映,豆瓣出现大面积的1分评分,大家对于这个电影似乎有着一种本能的敌意。有人给我留言说,不会花钱去看马屁片。 那么这个是不是一个马屁片呢? … 阅读全文 →

“破解”zotero:打开zotero查找重复的功能

2011-05-09 gaoch
在文献管理软件EndNote中,有一项功能“查找重复”,个人觉得很有用。但是你一旦发现作为一个后期之秀,免费开源的文献管理软件——zotero,却没有这个功能,很纠结对不? 我是很纠结。所以我一发现可以打开zotero的查找重复功能之后,马上分享给大家。 在查看zotero的源代码的时候,我发现zotero本身带有“Show Duplicates”的菜单项,只是被开发者隐藏了。可能是正在开发中,但 … 阅读全文 →

Biological DataBases: NCBI与SwissProt

2011-04-18 gaoch
人们使用数据库管理数据,对于生物数据来说,一个优秀的数据库有以下优点: 然而,生物数据的迅速增大,带来很多问题: 相对来说,NCBI收录生物数据时力求完整不遗漏,所以数据库内容是冗余的,有很多重复性条目,无意义条目。 与之相对的,SwissProt数据库则力求注释完整,在收录数据会进行合并和归档,以保证量不重复。 阅读全文 →

全宋词词频统计:东风何处是人间

2011-04-11 gaoch
东风何处是人间 « Yixuan’s Blog 对全宋词中词频统计之后的结果很有意思。 […] 不知各位看官看到上面这些既熟悉又悠远的话语又将作何感想?或许,她们就是我们千百年来的精神寄托吧。 […] 结果(排在第一的是无效字符,这跟数据源有关): 阅读全文 →