Posts
使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树
2011-07-20
gaoch
𝔹ioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。
使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。(另请参考:进化树大杀器MEGA的使用)
首先,打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示:
然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”,会弹出下一个对话框,设置一些程序运行的参数。
…
阅读全文 →
|
紫外线灯管(紫外线杀菌灯)的构成和原理
2011-07-17
gaoch
紫外线灯管的构成和原理
紫外线杀菌灯(UV灯)实际上是属于一种低压汞灯,和普通日光灯一样,利用低压汞蒸汽(<10-2Pa)被激发后发射紫外线。
不同的是日光灯的灯管采用的是普通玻璃,254nm紫外线不能透出来,只能被灯管内壁的荧光粉吸收后激发出可见光。如果改变荧光粉的成分和比例,它就可以发出我们通常所见的不同颜色的光。
**1、发光原理。**紫外线光在水银放电管中产生。水银放电管是包含两个电 …
阅读全文 →
|
使用shell删除文本中的重复行
2011-07-16
gaoch
使用uniq命令得到不重复的行
现有文件如下:
—————————————————
my friends, chenhong
my friends, chenhong
my friends, chenhong
my teacher, liyong
my teacher, liyong
my teacher, liyong
my father, wuzhongyi
my father, …
阅读全文 →
|
使用Matlab画中国地图
2011-06-28
gaoch
使用Matlab绘制中国地图十分方便,使用Mapping工具箱中的几条命令。
介绍如下:
设置坐标轴:setm命令。
因为地球是圆的,所以地图的绘制涉及到投影的问题,跟普通的2-D或者3-D作图差别明显。setm命令专门用来设置map axis。例如:
[cc lang=”matlab”]
ax=worldmap(‘china’); %worldmap命令生成一个map axis,其各项属性可以 …
阅读全文 →
|
在MATLAB中创建色彩绚丽的柱状图
2011-06-25
gaoch
首先,看一下效果图。
默认条件下的柱状图
漂亮的柱状图
渐变着色的柱状图
代码如下:
[cc lang=”matlab”]
% 彩色柱状图
%% 用到的数据
n = 13;
Z = rand(n,1);
%% 默认图片
bar(Z);
%% 简单的作图
% 这个图根据数据列中值的大小着色。每列中的
% 值越大,颜色越突出
figure
h=bar(Z);
colormap(summer(n)); …
阅读全文 →
|
在windows中获得Linux使用环境
2011-06-25
gaoch
𝕙ttp://www.virtualbox.org/
http://www.cygwin.com/
http://unxutils.sourceforge.net/
Linux系统中的一些优越性特别是bash的优越性是windows系统不具备的。然而Linux运行在PC上,却又无法提供如Windows般的优越的用户界面,特别是office之类的常用软件。
为了同时得到Windows和Linux提供 …
阅读全文 →
|
私密:有见地《建党伟业》影评
2011-06-21
gaoch
源地址:http://blog.renren.com/GetEntry.do?id=732997367&owner=262715242
[…] 《建党伟业》从开拍到现在都没什么好评,全是调侃和负面的言论吧,15号首映,豆瓣出现大面积的1分评分,大家对于这个电影似乎有着一种本能的敌意。有人给我留言说,不会花钱去看马屁片。
那么这个是不是一个马屁片呢? …
阅读全文 →
|
“破解”zotero:打开zotero查找重复的功能
2011-05-09
gaoch
在文献管理软件EndNote中,有一项功能“查找重复”,个人觉得很有用。但是你一旦发现作为一个后期之秀,免费开源的文献管理软件——zotero,却没有这个功能,很纠结对不?
我是很纠结。所以我一发现可以打开zotero的查找重复功能之后,马上分享给大家。
在查看zotero的源代码的时候,我发现zotero本身带有“Show Duplicates”的菜单项,只是被开发者隐藏了。可能是正在开发中,但 …
阅读全文 →
|
Biological DataBases: NCBI与SwissProt
2011-04-18
gaoch
人们使用数据库管理数据,对于生物数据来说,一个优秀的数据库有以下优点:
然而,生物数据的迅速增大,带来很多问题:
相对来说,NCBI收录生物数据时力求完整不遗漏,所以数据库内容是冗余的,有很多重复性条目,无意义条目。
与之相对的,SwissProt数据库则力求注释完整,在收录数据会进行合并和归档,以保证量不重复。
阅读全文 →
|
全宋词词频统计:东风何处是人间
2011-04-11
gaoch
东风何处是人间 « Yixuan’s Blog
对全宋词中词频统计之后的结果很有意思。
[…] 不知各位看官看到上面这些既熟悉又悠远的话语又将作何感想?或许,她们就是我们千百年来的精神寄托吧。
[…] 结果(排在第一的是无效字符,这跟数据源有关):
阅读全文 →
|