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使用BioPerl和primer3批量设计RT-PCR引物
2010-11-12
gaoch
𝕌pdate:
我已经设置了一个Massive RT-PCR Primer Designer服务,有需要的朋友可以直接去上传自己基因序列的Fasta文件,然后服务器会将引物返回。
关于Missing SEQUENCE tag错误的处理
以下为原文。
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本文介绍批量设计RT-PCR引物的方法,基于Ubuntu 10.10系统 …
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Ubuntu 10.10环境下安装GScribble
2010-10-28
gaoch
𝔾Scibble是Linux下面的优秀的博客程序客户端,比Blogtk界面友好。可以读取Wordpress的分类信息,还可以编辑已发布的条目。
为了在我的Ubuntu 10.10环境下安装该程序,我还是处理了几个小问题,在这里Mark一下。
首先,安装过程中的问题。
安装文件可以从SF下载:http://sourceforge.net/projects/gscribble/
按照安装文 …
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关于GFF3格式
2010-10-28
gaoch
𝔾FF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开。
依次是:
1. reference sequence:参照序列
指出注释的对象。如一个染色体,克隆或片段。可以有多个参照序列。
2. source :来源
注释的来源。如果未知,则用点(.)代替。
3. type :类型
属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参 …
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重新安装bioperl
2010-10-28
gaoch
此文适合一下情况:
更新BioPerl时,想彻底删除旧版程序,安装一个完整的全新BioPerl;
安装BioPerl后出错,需要从头安装。
重新安装时不会自动覆盖老板本,因此需要手动删除以下文件:
bioperl位于以下目录:
/usr/local/man/man3/Bio::*
/usr/local/bin/bp_*
/usr/local/man/man1/bp_* …
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Bio-Rad iQ5 vs. Opticon Monitor
2010-10-22
gaoch
使用 Bio-Rad 两款RT-PCR产品的评价
最近做了两次RT-PCR实验,实验所用的仪器都是伯乐公司的产品,一个小型点的拥有48孔平板,一个大点的有标准的96孔平板。硬件方面操作不必多说,想不到软件居然也不一样。所以这里单独谈谈软件。这两款软件分别是 iQ5 和 Opticon Monitor 。
iQ5 的反应缓慢 所用的文件格式很容易损坏 界面也不友好
Opticon Monitor响应 …
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向量和矩阵有什么区别
2010-10-22
gaoch
向量和矩阵有什么区别
向量是矩阵的特殊类型,是只有一行或者一列的矩阵。这两种矩阵分别称为行矩阵(行向量)和列矩阵(列向量)。
另外,矩阵用阶数表示,比如2阶方阵;向量通常用维数表示,比如n维向量。
总之,向量的本质是矩阵,向量的计算全部参考矩阵计算的运算律。
Posted from GScribble.
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[转载]智利矿工营救:专业精神的胜利
2010-10-18
gaoch
𝕙ttp://taoduanfang.blog.163.com/blog/static/25091713201091634351119/?blog
刚刚听到智利矿工获救的消息,又传来国内平煤集团四矿瓦斯爆炸的消息。
我们的矿工,什么时候才能享有如此的待遇呢?
智利矿工营救:专业精神的胜利
智利当地时间10月13日0点11分,被困井下69天的圣何塞铜金矿33名矿工中的第一位、31岁的工头弗洛伦西奥. …
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测试:使用BloGTK发表文章
2010-10-17
gaoch
这是使用BloGTK 1.1发表的文章。
通过XML-RPC协议,可以方便的发表文章,而不用登录后台。这在网络条件差的时候尤为方便。
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从叶县坐飞机去平顶山
2009-12-06
gaoch
从叶县坐飞机去平顶山
http://hi.baidu.com/%D7%F3%D3%EF%D3%B1/blog/item/057688dc176303d18c1029f7.html
“到平顶山多少钱?”“二十块二十块,木你是头回坐飞机?”售票员不耐烦地吐出一口瓜
子壳。“咋恁贵?不都是十五块钱门?”“你说那是求,啥时候也秒卖过十五块。瞅瞅,这可
是国营飞机场!”说着,把贴着"国 …
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卸磨杀驴
2009-09-13
gaoch
刚刚安装了电驴,启动程序时看到了“卸载电驴”的选项,觉得应该改成“卸磨杀驴”。
那就有意思多了,哈哈!
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