今天小丫画图群里在讨论 GitHub 的使用。大家都说GitHub的使用挺简单的，我觉得也是。但是，要找一个比较系统的介绍的话，我还真没找到。所以，说说自己的使用经历吧。这些都是干货。 我对 GitHub 的使用时间不长，但是觉得真是个好东西。总的来说，特别适合于存放文本文件，例如代码，markdown写成的文档，rmarkdown写成的书等。 GitHub其实是支持Git版本控制软件的公共仓库， … 阅读全文 →

先载入一个示例数据。该数据是研究摄入 VC 对小鼠牙齿生长作用的实验结果。VC 给药分成两种方式：VC-给予VC药片；OJ-给予相当量的橙汁。给药的量都包括0.5,1,2等三个梯度。 从散点图上看，不同给药量之间应该有显著差异。 data("ToothGrowth") head(ToothGrowth) ## len supp dose ## 1 4.2 VC 0.5 ## 2 … 阅读全文 →

常用的统计方法见下表所示。 […] Mann-Whitney-Wilcoxon检验也被称为Wilcoxon检验。 In statistics, the Mann–Whitney U test (also called the Mann–Whitney–Wilcoxon (MWW), Wilcoxon rank-sum test, or Wilcoxon–Mann–Whitney … 阅读全文 →

昨天遇到一个怪事，同一个 Git 目录，使用 Git Shell 时，可以直接 Push；而在 RStudio 中 push 时，则会请求输入账户名和密码。 在 Google 中以 “Rstudio git push need username” 搜索，在第三条结果的第三个高票回答中找到了解决方法。 git remote show origin # Push URL: … 阅读全文 →

因为“包治百病”，所以每个人都会到需要写包的时候。作为一个讲原则的开发者，Hadley Wickham 的写包指南还是要看一下的。写包，“so easy！” […] # 在指定路径创建一个包的骨架，包括文件夹结构和配置文件 create_package("~/path/to/foofactors") # 初始化 git use_git() # 在 R 目录下面新建 … 阅读全文 →

这个错误有点怪怪的。打开rmarkdown脚本运行时，会一直出现Error: option error has NULL value的提示，电脑基本也会卡死。 这个错误是在从R 3.5升级到3.6之后出现的。 其解决方法也很简单，就是升级RStudio软件。不过，发行版的RStudio软件并没有解决这个问题，需要使用preview版本的。 Preview版本的链接有点不大好找，在这 … 阅读全文 →

𝕂eep on as you have begun, and make all possible haste, so that you may have longer enjoyment of an improved mind, one that is at peace with itself. Doubtless you will derive enjoyment during the time … 阅读全文 →

本文曾经发表在 biobabble 微信公众号 链接 ggplot在绘制label的时候很容易出现字体溢出，位置难以调整的问题。Y叔曾经在公众号上吐槽过。 实际上，标签如何在图片中展示，还真不是一个简单的问题。有一个领域“Automatic label placement”就是研究该问题的。 下面介绍一下如何处理这个标签定位的问题。 […] 我们从mpg数据集中提取10行数据画图，默 … 阅读全文 →

𝕋ibble 和 Data.frame 一般可以通用，但是 Tibble 中含有的分组信息，如果不注意，有时可能会引起错误。 […] > error_rate_summary # A tibble: 81 x 8 # Groups: enzyme, nps [27] id enzyme nps rep type Error_Rate mean std <fct> … 阅读全文 →

本文是我在华中农业大学JC Bioinformatics 2018暑期生物信息学培训班上的讲义 […] 原核转录组课程讲授利用RNA-seq方法研究细菌基因组中基因表达差异的原理和方法。课程中不仅介绍了RNA-seq生物信息学分析的内容，还对RNA-seq的原理、文库构建等湿实验进行解读。 为了降低学习门槛，课程中的实例取自公开发表的细菌基因组，但是这不意味着相关原理和方法不能应用于 … 阅读全文 →