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排序分析结果作图
2018-10-22
gaoch
𝕝ibrary(vegan) ## Loading required package: permute ## Loading required package: lattice ## This is vegan 2.6-4 data("varespec") pca <- rda(varespec) 首先看一下结果:
summary(pca) ## ## Call: ## …
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Bray Curtis Dissimilarity
2018-10-17
gaoch
本文介绍 Bray Curtis Dissimilarity 的概念和计算方法。
Bray Curtis Dissimilarity(Bray-Curtis 相异度)是生态学中用来衡量不同样地物种组成差异的参数。
其定义和计算公式为:
$$BC_{ij}=1-2C_{ij}/(S_{i}+S_{j})$$
其中:
[…] 有两个水族箱:
[…] …
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Ordination analysis to assess shifts of niche structure
2018-10-17
gaoch
本分析方法来在2018年在 ISME J 发表的一篇论文1,原来的分析是用 Mathematica 做的,我尝试在 R 里面实现它。
[…] Mallon CA et al. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away …
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Setup blogdown site
2018-10-16
gaoch
设置 blogdown 主要参考了 这里,设置 git 认证参考了 这里.
软件的安装不提,简单的步骤如下:
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设置VirtualBox Ubuntu虚拟机的SSH登录
2018-10-10
gaoch
我的工作环境是Windows,但要时常用到Linux,于是在VirtualBox中部署了Ubuntu Linux系统。
以前都是打开虚拟机上使用,但是虚拟机毕竟有桌面,占用资源比较多。窗口切来切去也不方便。
设置虚拟机SSH登录可以让虚拟机作为一个进程运行在后台,很Linux。
[…] 要安装SSH server。
sudo apt-get install …
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静音Office Lens快门声音
2018-03-27
gaoch
𝕆ffice Lens的快门声在一些手机上(比如我的Le2)无法关闭,这严重影响了该软件的使用。在Google上面查找,始终找不到解决方案,而只是一些吐槽。
[…] 大家对微软已经无力吐槽了。
机智如我,自然要想个办法。经过广泛调研,深入研究,最终得到解决方案。
具体思路是:将快门声音对应的音频文件设为无法访问。
安装Root Explorer,定位 …
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Zotero中分类包含子分类
2017-12-04
gaoch
ℤotero中可以将不同文献分门别类,放在不同的文件夹中,称为(collection)。同时文件夹中还可以创建子文件夹,称为subcollection。默认情况下,除非你将对应条目添加到父文件夹中,否则子文件夹中的条目在上一级文件夹中并非是可见的。这不符合我们的使用习惯。
如何在上一级文件夹中包含下属文件夹中的所有文献信息呢?答案就是设置一个参数。
这个参数在高级设置里面。打开方式如下图: …
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解决Windows10卡在登录界面或登录成功后失去响应的问题
2017-11-27
gaoch
**症状如下:**电脑自动重启更新,卡在更新界面不能继续。强制重启后,可以正常引导,但是在登录时候容易卡死,随后进去之后,鼠标在任务栏上显示“繁忙”,桌面不能成功加载。可以进安全模式。
通过查看Windows更新记录,显示Windows Defender更新后,开始出现这一情况,因此决定将Windows Defender禁用。禁用后恢复正常。
禁用方法如下:
在安全模式下,打开系统管理员权限的命令 …
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三种向NCBI提交SRA高通量测序原始数据的方法
2017-11-21
gaoch
将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说,动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据:
[…] 网页提交应当是用户最熟悉的方式,跟日常上网的操作一样。但是,如果不使用Aspera Connect插件,一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示,是最低效率的方式。然而,通过使用Aspera …
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ggplot2作图中不使用科学计数法
2017-11-16
gaoch
科学计数法(1E+5)这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多,一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数:options(scipen = 200) 。
非常好用。
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