𝕝ibrary(vegan) ## Loading required package: permute ## Loading required package: lattice ## This is vegan 2.6-4 data("varespec") pca <- rda(varespec) 首先看一下结果： summary(pca) ## ## Call: ## … 阅读全文 →

本文介绍 Bray Curtis Dissimilarity 的概念和计算方法。 Bray Curtis Dissimilarity（Bray-Curtis 相异度）是生态学中用来衡量不同样地物种组成差异的参数。 其定义和计算公式为： $$BC_{ij}=1-2C_{ij}/(S_{i}+S_{j})$$ 其中： […] 有两个水族箱： […] … 阅读全文 →

本分析方法来在2018年在 ISME J 发表的一篇论文1，原来的分析是用 Mathematica 做的，我尝试在 R 里面实现它。 […] Mallon CA et al. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away … 阅读全文 →

设置 blogdown 主要参考了 这里，设置 git 认证参考了 这里. 软件的安装不提，简单的步骤如下： 阅读全文 →

我的工作环境是Windows，但要时常用到Linux，于是在VirtualBox中部署了Ubuntu Linux系统。 以前都是打开虚拟机上使用，但是虚拟机毕竟有桌面，占用资源比较多。窗口切来切去也不方便。 设置虚拟机SSH登录可以让虚拟机作为一个进程运行在后台，很Linux。 […] 要安装SSH server。 sudo apt-get install … 阅读全文 →

𝕆ffice Lens的快门声在一些手机上（比如我的Le2）无法关闭，这严重影响了该软件的使用。在Google上面查找，始终找不到解决方案，而只是一些吐槽。 […] 大家对微软已经无力吐槽了。 机智如我，自然要想个办法。经过广泛调研，深入研究，最终得到解决方案。 具体思路是：将快门声音对应的音频文件设为无法访问。 安装Root Explorer，定位 … 阅读全文 →

ℤotero中可以将不同文献分门别类，放在不同的文件夹中，称为（collection）。同时文件夹中还可以创建子文件夹，称为subcollection。默认情况下，除非你将对应条目添加到父文件夹中，否则子文件夹中的条目在上一级文件夹中并非是可见的。这不符合我们的使用习惯。 如何在上一级文件夹中包含下属文件夹中的所有文献信息呢？答案就是设置一个参数。 这个参数在高级设置里面。打开方式如下图： … 阅读全文 →

**症状如下：**电脑自动重启更新，卡在更新界面不能继续。强制重启后，可以正常引导，但是在登录时候容易卡死，随后进去之后，鼠标在任务栏上显示“繁忙”，桌面不能成功加载。可以进安全模式。 通过查看Windows更新记录，显示Windows Defender更新后，开始出现这一情况，因此决定将Windows Defender禁用。禁用后恢复正常。 禁用方法如下： 在安全模式下，打开系统管理员权限的命令 … 阅读全文 →

将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据： […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera … 阅读全文 →

科学计数法（1E+5）这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多，一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数：options(scipen = 200) 。 非常好用。 阅读全文 →