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Massive RT-PCR Primer Designer is online

2016-01-16 gaoch
𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

ContigExpress-Assemble pair-end sequencing fragments

2016-01-12 gaoch
送样测序的时候,测序公司会问你是否要从两端测通?如果你选择两端测通,可能会得到两个序列(也可能测序公司已经帮你拼接成一条序列了),这时候你需要将这两条序列拼接起来。 我们使用ContigExpress这个程序来完成这一任务。 ContigExpress是Vector NTI© Software中的一个组件,可以在这里下 … 阅读全文 →

A Genbank –> GTF converter derived from BioPerl

2015-10-14 gaoch
𝔹ioPerl has a Genbank –> GFF converter (the script is bp_genbank2gff3.pl), however, this converter generated GFF/GTF file could not work in Bioconductor when using the function maketxdbfromGFF to … 阅读全文 →

A Genbank to BED converter

2015-10-14 gaoch
𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

cloudfs无法上传的故障排除

2015-09-27 gaoch
之前设置WordPress使用阿里云OSS存储图片,今天出问题了。设置方法在这里 错误提示:cannot access oss: Transport endpoint is not connected 解决方案如下: […] [cc lang=”bash”] umount /mnt/oss service cloudfs restart chmod 666 /mnt/oss … 阅读全文 →

使用自定义过滤器筛选PubMed的搜索结果

2015-09-27 gaoch
在PubMed中按影响因子查看文献。使用自定义的Filter,能够帮助你快速定位重要文献,排除小文章。 最终的结果像这个样子,在你的PubMed搜索结果中,会出现“IF>2”,“IF>5”,“IF>10”等选项。 设置步骤如下: 1)登录NCBI账号,如果没有,就注册一个。 2)在PubMed中随意搜索,过滤器会显示在结果右侧。 3)点击“Manage Filter”,进入设置页 … 阅读全文 →

InbR, a TetR family regulator, binds with isoniazid and influences multidrug resistance in Mycobacterium bovis BCG

2015-09-11 gaoch
在Scientific Reports上面的一篇论文昨天(2015-9-10)上线了。我是第二作者,负责了ChIP-seq实验等少部分实验,全部的生物信息学分析,论文撰写、修订和投稿等事宜。该研究最初投稿的是核酸研究杂志,被拒稿后由我接手,转投Scientific Reports,前后耗费了2个多月终于接受。除了正文中,附件也有不少数据,特别是一个大Table。 … 阅读全文 →

富士卡片机F60fd拆机图片

2015-09-06 gaoch
友情提示:依本文拆机相机未获修复的,不承担连带责任哦! 按:我的富士F60fd镜头落地摔歪了,所以才拆机。 […] 去掉侧面板 去掉显示屏 去掉金属板 […] 主板有上下两块,之间由插槽接口连接,小心撬开主板,去掉排线,拿下主板。 这个是取下的主板。 […] 摘下排线,取下镜头组件。 这是镜头组件,含有镜头、快门、CCD等元件。 […] 揭下 … 阅读全文 →

整合 OSS 开放存储到 WordPress 系统

2015-08-23 gaoch
使用 OSS 存储 WordPress 相当于将 云服务器 的存储免费扩大了。 […] -在云市场搜索cloudfs,获取下载链接。 -将下载的安装包上传至云服务器。 -安装依赖包。 -以默认设置安装。 [cc lang=”bash”] # Install dependence apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev … 阅读全文 →

Ubuntu 快速安装 LAMP

2015-08-21 gaoch
[cc lang=”bash”] sudo apt-get install tasksel # 任务标记分组 sudo tasksel install lamp-server #安装途中MySQL要求设定账户有密码,这是与操作系统没关系的账户与密码。 [/cc] 阅读全文 →