我的 GitHub 年报 上半年不知道怎么就过去了，创下了 44 天无提交的记录。 时间不等人，挤一挤总是会有的。 新的一年里，杂事会少一些。记录应该会比今年好看些。 阅读全文 →

将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据： […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera … 阅读全文 →

科学计数法（1E+5）这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多，一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数：options(scipen = 200) 。 非常好用。 阅读全文 →

每次R语言版本更新，都在Windows下面新安装一个目录，原来的Library无法继续使用。 通过设置R的环境变量，可以实现将R_LIBS_USER固定到一个地方。 在Linux系统中，方法很简单，只需要在~/.Rprofile文件中指定 R_LIBS_USER='~/Library/R' 在Windows下设置R_LIBS_USER的一个途径是 … 阅读全文 →

解决方案如下： […] 主要代码如下： bp_genbank2gff3 --GFF_VERSION 3 file.gb awk '$3!~/pseudo/' file.gb.gff > file.rsem.gff # or more restrictly with only protein coding genes awk … 阅读全文 →

选中多个条目，拖动到左侧标签列表中即可。 […] 用鼠标右键单击任一标签，选择设置颜色，可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个，分别是数字1-6。设置之后，可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签，非常方便。 阅读全文 →

我定制了一个Zotero样式，特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。 在引用时，显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时，最多仅显示3个作者，多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。 把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。 使用时，先选择一个或多个文献条目，然后点击右键，选择“由所选条目创建引文目录…”。 […] 在打开的窗口中 … 阅读全文 →

𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比，感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果（MiSeq/454）出发直到分析结果的一整套流程，但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy，numpy，matplotlib等Python库的支持，它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 … 阅读全文 →

官方网址：http://biom-format.org/index.html 格式说明：http://biom-format.org/documentation/biom_format.html biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。 […] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式，扩展名建议是*.biom， … 阅读全文 →

宏基因组中包含了环境中各种微生物的基因组信息，理论上可以得出种群结构。该如何利用宏基因组高通量测序数据分析种群结构呢？是不是要从中提取16S rRNA的数据， 组装之后使用Mothur或QIIME分析呢？ MetaPhlAn有一个不一样的想法。 […] MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of … 阅读全文 →