相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordination analysis）。 排序分析（ordination analysis），最早是生态学（ecology）中研究群落（communities）的一大类多元分析手 … 阅读全文 →

本分析方法来在2018年在 ISME J 发表的一篇论文1，原来的分析是用 Mathematica 做的，我尝试在 R 里面实现它。 […] Mallon CA et al. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away … 阅读全文 →