将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据： […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera … 阅读全文 →

𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

在PubMed中按影响因子查看文献。使用自定义的Filter，能够帮助你快速定位重要文献，排除小文章。 最终的结果像这个样子，在你的PubMed搜索结果中，会出现“IF>2”，“IF>5”，“IF>10”等选项。 设置步骤如下： 1）登录NCBI账号，如果没有，就注册一个。 2）在PubMed中随意搜索，过滤器会显示在结果右侧。 3）点击“Manage Filter”，进入设置页 … 阅读全文 →

人们使用数据库管理数据，对于生物数据来说，一个优秀的数据库有以下优点： 然而，生物数据的迅速增大，带来很多问题： 相对来说，NCBI收录生物数据时力求完整不遗漏，所以数据库内容是冗余的，有很多重复性条目，无意义条目。 与之相对的，SwissProt数据库则力求注释完整，在收录数据会进行合并和归档，以保证量不重复。 阅读全文 →