𝕝ibrary(DT) datatable(iris) 在上面的表格中，搜索框提供了针对所有数据进行检索的功能，检索词可以是文本、数值或其它任意的数据项。检索结果实时显示，如果没有找到任何结果则显示为空白。 […] datatable 的语法如下所示。 datatable(data, options = list(), class = "display", … 阅读全文 →

在 Ubuntu 18.04 LTS 上面安装 R 包 sf 卡在了 classInt 上面。提示： * installing *source* package ‘classInt’ ... ** package ‘classInt’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs gfortran -fpic -g -O2 … 阅读全文 →

今天想用 scholar 包抓一下自己的 Google Scholar profile，发现不翻墙打不开。 要设代理，参考了 @GuangchuangYu 发表的一次解决所有代理问题， 却仍然没有解决自己的问题。 因为我用的是 Windows，proxychains 却只能用于类 Unix 系统。 经过 3 个小时的探索，终于发现了一个途径，居然比 proxychains 还要简单很多。 那就是， … 阅读全文 →

先载入一个示例数据。该数据是研究摄入 VC 对小鼠牙齿生长作用的实验结果。VC 给药分成两种方式：VC-给予VC药片；OJ-给予相当量的橙汁。给药的量都包括0.5,1,2等三个梯度。 从散点图上看，不同给药量之间应该有显著差异。 data("ToothGrowth") head(ToothGrowth) ## len supp dose ## 1 4.2 VC 0.5 ## 2 … 阅读全文 →

常用的统计方法见下表所示。 […] Mann-Whitney-Wilcoxon检验也被称为Wilcoxon检验。 In statistics, the Mann–Whitney U test (also called the Mann–Whitney–Wilcoxon (MWW), Wilcoxon rank-sum test, or Wilcoxon–Mann–Whitney … 阅读全文 →

因为“包治百病”，所以每个人都会到需要写包的时候。作为一个讲原则的开发者，Hadley Wickham 的写包指南还是要看一下的。写包，“so easy！” […] # 在指定路径创建一个包的骨架，包括文件夹结构和配置文件 create_package("~/path/to/foofactors") # 初始化 git use_git() # 在 R 目录下面新建 … 阅读全文 →

这个错误有点怪怪的。打开rmarkdown脚本运行时，会一直出现Error: option error has NULL value的提示，电脑基本也会卡死。 这个错误是在从R 3.5升级到3.6之后出现的。 其解决方法也很简单，就是升级RStudio软件。不过，发行版的RStudio软件并没有解决这个问题，需要使用preview版本的。 Preview版本的链接有点不大好找，在这 … 阅读全文 →

本文曾经发表在 biobabble 微信公众号 链接 ggplot在绘制label的时候很容易出现字体溢出，位置难以调整的问题。Y叔曾经在公众号上吐槽过。 实际上，标签如何在图片中展示，还真不是一个简单的问题。有一个领域“Automatic label placement”就是研究该问题的。 下面介绍一下如何处理这个标签定位的问题。 […] 我们从mpg数据集中提取10行数据画图，默 … 阅读全文 →

𝕋ibble 和 Data.frame 一般可以通用，但是 Tibble 中含有的分组信息，如果不注意，有时可能会引起错误。 […] > error_rate_summary # A tibble: 81 x 8 # Groups: enzyme, nps [27] id enzyme nps rep type Error_Rate mean std <fct> … 阅读全文 →

𝕧egdist 提供了多个计算差异度的算法。这些算法自然是各有各的适用范围。对于同一个数据集，其结果有什么直观上的差异呢？ library(vegan) library(pheatmap) library(cowplot) data("varespec") dist.methods <- c("manhattan", … 阅读全文 →