𝕋ibble 和 Data.frame 一般可以通用，但是 Tibble 中含有的分组信息，如果不注意，有时可能会引起错误。 […] > error_rate_summary # A tibble: 81 x 8 # Groups: enzyme, nps [27] id enzyme nps rep type Error_Rate mean std <fct> … 阅读全文 →

𝕧egdist 提供了多个计算差异度的算法。这些算法自然是各有各的适用范围。对于同一个数据集，其结果有什么直观上的差异呢？ library(vegan) library(pheatmap) library(cowplot) data("varespec") dist.methods <- c("manhattan", … 阅读全文 →

ℚuantStudio Real-Time PCR software 是我们经常使用的 RT-PCR 软件, 它上面的可视化只能简单看看, 不满足发论文的需求. 如果需要得到发表级的图片, 还是需要 用 ggplot 大法加持. 为了能够使用这些数据, 首先需要导出文件. 为了方便操作, 文件导出时, 选择 *.txt 格式, 每个面板导出成一个单独文件. 将文件放在 data 文件夹中. … 阅读全文 →

上次提及 PCA 分析的方法有很多种。那不同方法之间的得到的结果会有差异吗？ 最近采用 PCA 分析 RNA-seq 样本之间的差异，得到了下面的结果。 […] 生成一个含有 1000 个基因, 27 个样品的数据集. 这 27 个样品来自于 3 个基因型(WT, Mutant1, Mutant2), 3 种处理(CK, Trt1, Trt2), 共分为 \(3 * 3 = 9\) … 阅读全文 →

有一个数据分析的小项目，使用Git记录分析过程。 在添加了一些文件、删除了一些文件之后，在RStudio的Git标签页下面点击复选框Stage，界面失去响应。反复重启，仍然如此。 上网查了一下，确实很多人吐槽类似的问题。 不过，在当前Git目录下打开Git GUI使用，一切正常。 RStudio的Git GUI性能确实比较差。 阅读全文 →

相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordination analysis）。 排序分析（ordination analysis），最早是生态学（ecology）中研究群落（communities）的一大类多元分析手 … 阅读全文 →

𝕝ibrary(vegan) ## Loading required package: permute ## Loading required package: lattice ## This is vegan 2.6-4 data("varespec") pca <- rda(varespec) 首先看一下结果： summary(pca) ## ## Call: ## … 阅读全文 →

本文介绍 Bray Curtis Dissimilarity 的概念和计算方法。 Bray Curtis Dissimilarity（Bray-Curtis 相异度）是生态学中用来衡量不同样地物种组成差异的参数。 其定义和计算公式为： $$BC_{ij}=1-2C_{ij}/(S_{i}+S_{j})$$ 其中： […] 有两个水族箱： […] … 阅读全文 →

本分析方法来在2018年在 ISME J 发表的一篇论文1，原来的分析是用 Mathematica 做的，我尝试在 R 里面实现它。 […] Mallon CA et al. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away … 阅读全文 →

科学计数法（1E+5）这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多，一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数：options(scipen = 200) 。 非常好用。 阅读全文 →