sra

三种向NCBI提交SRA高通量测序原始数据的方法

2017-11-21 gaoch
将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说,动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据: […] 网页提交应当是用户最熟悉的方式,跟日常上网的操作一样。但是,如果不使用Aspera Connect插件,一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示,是最低效率的方式。然而,通过使用Aspera … 阅读全文 →

fastq format – sra format

2012-08-21 gaoch
𝕗astq格式与fasta格式相同的一点在于它们都是文本格式,不同之处在于前者提供了测序质量等更多的信息,而后者仅仅能提供序列(前者也提供序列)。 […] FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its … 阅读全文 →