𝕊SPACE是一个常用的Scaffolding软件.当你有新的测序数据时,你可以使用SSPACE将原有的contigs延长,scaffolding等. 在Ubuntu 14.04系统中运行该软件v3.0会出现错误.谷歌也没有发现好的解决方法,最终通过研究源代码,发现这是一个简单的问题,修订源代码之后,终于能够成功运行. 两处修订如下: [cc lang=”perl”] #~ require … 阅读全文 →

使用Bio::Tree::Draw::Cladogram 输出的 EPS 文档在很多 EPS 查看软件（如Windows下面的ACDsee，gsView等）中不能打开，经查是由于 BoundingBox 出现浮点数所致，具体设计的代码为 Cladogram.pm 的 new 方法和 print 方法，简便起见，可以在原先的 443 行代码前面添加两行代码，以解决该问题。 如下所示 ： [perl] … 阅读全文 →

𝕗astq格式与fasta格式相同的一点在于它们都是文本格式，不同之处在于前者提供了测序质量等更多的信息，而后者仅仅能提供序列（前者也提供序列）。 […] FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its … 阅读全文 →

什么是Bowtie？What is Bowtie？ […] Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner geared toward quickly aligning large sets of short DNA sequences (reads) to large genomes. It aligns … 阅读全文 →

𝔽ollowing is a brief description of the SAM format as output by bowtie when the -S/–sam option is specified. For more details, see the SAM format specification. When -S/–sam is specified, bowtie … 阅读全文 →

————————————————————————————————————- 我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本，当初运行良好，所以把它给分享了出来（在这里）。最近又用发现会有错误，“Missing SEQUENCE tag”，经过分析，最终解决了这个问题。 方法如下： [cc lang=’bash’]sudo gedit … 阅读全文 →

𝔹ioEdit是一个功能很强大的生物学软件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比对，质粒图谱的绘制，查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。（另请参考：进化树大杀器MEGA的使用） 首先，打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示： 然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”，会弹出下一个对话框，设置一些程序运行的参数。 … 阅读全文 →

紫外线灯管的构成和原理 紫外线杀菌灯（UV灯）实际上是属于一种低压汞灯，和普通日光灯一样，利用低压汞蒸汽（<10-2Pa）被激发后发射紫外线。 不同的是日光灯的灯管采用的是普通玻璃，254nm紫外线不能透出来，只能被灯管内壁的荧光粉吸收后激发出可见光。如果改变荧光粉的成分和比例，它就可以发出我们通常所见的不同颜色的光。 **1、发光原理。**紫外线光在水银放电管中产生。水银放电管是包含两个电 … 阅读全文 →

人们使用数据库管理数据，对于生物数据来说，一个优秀的数据库有以下优点： 然而，生物数据的迅速增大，带来很多问题： 相对来说，NCBI收录生物数据时力求完整不遗漏，所以数据库内容是冗余的，有很多重复性条目，无意义条目。 与之相对的，SwissProt数据库则力求注释完整，在收录数据会进行合并和归档，以保证量不重复。 阅读全文 →

在2011年1月的Nature上，总结了抗结核新药的研发进程。已经有个别药物进入III期临床试验，相信快要面世啦。 Koul, A., Arnoult, E., Lounis, N., Guillemont, J. & Andries, K. The challenge of new drug discovery for tuberculosis. Nature 469, 483-490 … 阅读全文 →