Update:

我已经设置了一个Massive RT-PCR Primer Designer服务,有需要的朋友可以直接去上传自己基因序列的Fasta文件,然后服务器会将引物返回。

关于Missing SEQUENCE tag错误的处理

以下为原文。
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本文介绍批量设计RT-PCR引物的方法,基于Ubuntu 10.10系统和BioPerl 1.6.1。但是应当适用于大部分Linux系统。

本文假定你已经安装好BioPerl。

安装primer3和Bio::PrimerDesigner

[bash]
>sudo apt-get install primer3 libbio-primerdesigner-perl
[/bash]

修正程序Bug

Primer3安装之后的可执行文件存在于/usr/bin/primer3_core,而Bio::PrimerDesigner软件包找不到该文件,所以需要建立一个符号链接。
[bash]
>sudo ln -s /usr/bin/primer3_core /usr/local/bin/primer3
[/bash]

准备序列文件

将要设计的文件以Fasta格式保存(也可以用其它BioPerl识别的任意格式保存)在当前目录中,此处以seqs.fa命名。

代码

然后在当前目录中新建文件designPrimer.pl。
录入代码如下:
[perl]
#! perl -w
use Bio::SeqIO;
use Bio::PrimerDesigner;

my $seqs = Bio::SeqIO->new(-file => ‘seqs.fa’);
open OUT, ‘>> raw_output.txt’;
my $pd = Bio::PrimerDesigner->new;
while( my $seq = $seqs->next_seq() ) {
my $seqid = $seq->id;
my $dna = $seq->seq;
my %params = (
PRIMER_NUM_RETURN => 1,
PRIMER_SEQUENCE_ID => $seqid,
SEQUENCE => $dna,
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE => ‘150-250’, #注意此处参数在perl文档中是错误的,应更正为此
);
my $primers = $pd->design( %params ) or die $pd->error;
my ($left_primer,$right_primer);
if ( !$primers->left ) {
warn “No primers found for $seqid\n”;
}
else{
$left_primer = $primers->left;
$right_primer = $primers->right;
}
print join(‘,’, $seqid, $left_primer, $right_primer);
print “\n”;
print OUT $primers->raw_output; #此处的perl文档也是错误的,应更正为此
}
[/perl]

保存引物

打开终端,输入
[bash]
> perl designprimer.pl
[/bash]
如果程序运行正常,引物设计的结果将在屏幕上显示,同时应当会有一些警告信息。

然后,可以将结果用管道命令保存:
[bash]
> perl designprimer.pl >primers.csv
[/bash]

注释

raw_output.txt中含有primer3程序运行的完整结果。可以作为额外参考。

Refers:
http://search.cpan.org/~smckay/Bio-PrimerDesigner-0.07/lib/Bio/PrimerDesigner.pm

Posted from GScribble.

作者简介

Chun-Hui Gao is a Research Associate at Huazhong Agricultural University.

重复使用

Text and figures are licensed under Creative Commons Attribution CC BY 4.0. The source code is licensed under MIT. The full source is available at https://github.com/yihui/hugo-prose.

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gaoch (2010). 使用BioPerl和primer3批量设计RT-PCR引物. BIO-SPRING. https://bio-spring.top/post/2010/11/12/2010-11-12-rt-primer-bioperl/

BibTeX citation

@misc{
  title = "使用BioPerl和primer3批量设计RT-PCR引物",
  author = "gaoch",
  year = "2010",
  journal = "BIO-SPRING",
  note = "https://bio-spring.top/post/2010/11/12/2010-11-12-rt-primer-bioperl/"
}