解决方案如下： […] 主要代码如下： bp_genbank2gff3 --GFF_VERSION 3 file.gb awk '$3!~/pseudo/' file.gb.gff > file.rsem.gff # or more restrictly with only protein coding genes awk … 阅读全文 →

𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

𝔹ioPerl has a Genbank –> GFF converter (the script is bp_genbank2gff3.pl), however, this converter generated GFF/GTF file could not work in Bioconductor when using the function maketxdbfromGFF to … 阅读全文 →

𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

使用Bio::Tree::Draw::Cladogram 输出的 EPS 文档在很多 EPS 查看软件（如Windows下面的ACDsee，gsView等）中不能打开，经查是由于 BoundingBox 出现浮点数所致，具体设计的代码为 Cladogram.pm 的 new 方法和 print 方法，简便起见，可以在原先的 443 行代码前面添加两行代码，以解决该问题。 如下所示 ： [perl] … 阅读全文 →

————————————————————————————————————- 我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本，当初运行良好，所以把它给分享了出来（在这里）。最近又用发现会有错误，“Missing SEQUENCE tag”，经过分析，最终解决了这个问题。 方法如下： [cc lang=’bash’]sudo gedit … 阅读全文 →

为了检查BioPerl是否安装正确，我们可以使用perldoc命令来看一下。 如果你是Linux系统，随意打开一个终端；如果用的是Windows系统，那么打开命令提示符。输入以下命令： [bash] perldoc Bio::SeqIO [/bash] 以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在，如果存在，则会有相应的文档输出，则你安装Bio::SeqIO模块；如果没有，说 … 阅读全文 →

𝕌pdate： 我已经设置了一个Massive RT-PCR Primer Designer服务，有需要的朋友可以直接去上传自己基因序列的Fasta文件，然后服务器会将引物返回。 关于Missing SEQUENCE tag错误的处理 以下为原文。 ———————————————————————————————– 本文介绍批量设计RT-PCR引物的方法，基于Ubuntu 10.10系统 … 阅读全文 →

此文适合一下情况： 更新BioPerl时，想彻底删除旧版程序，安装一个完整的全新BioPerl； 安装BioPerl后出错，需要从头安装。 重新安装时不会自动覆盖老板本，因此需要手动删除以下文件： bioperl位于以下目录： /usr/local/man/man3/Bio::* /usr/local/bin/bp_* /usr/local/man/man1/bp_* … 阅读全文 →