处理设计引物时候的PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误

gaoch

2011-09-21

Categories: 旧文 WordPress博客 Tags: BioPerl BIOPERL 信息技术 INFORMATICS 原创教程 TUTORIAL 生物信息 BIOINFORMATICS 生物学 BIOLOGY BioPerl primer

Update：You May directly use our Massive RT-PCR Primer Designer from Jan 16, 2016.

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我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本，当初运行良好，所以把它给分享了出来（在这里）。最近又用发现会有错误，“Missing SEQUENCE tag”，经过分析，最终解决了这个问题。

方法如下：

[cc lang=’bash’]sudo gedit /usr/local/share/perl/5.10.1/Bio/PrimerDesigner/primer3.pm[/cc]
将其中的SEQUENCE换成SEQUENCE_TEMPLATE即可。总共要换三四个位置。

造成这一错误的原因在于Primer3和Bio::PrimerDesigner的API不兼容。 前者使用“SEQUENCE_TEMPLATE”作为引物的模板，而后者确传递给primer3引物设计程序一个“SEQUENCE”参数，从而造成引物设计上的失败。

作者简介

Chun-Hui Gao is a Research Associate at Huazhong Agricultural University.

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Text and figures are licensed under Creative Commons Attribution CC BY 4.0. The source code is licensed under MIT. The full source is available at https://github.com/yihui/hugo-prose.

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