将测序原始数据提交到SRA已经逐渐成为投稿的必备条件。对于高通量测序数据来说，动辄几百兆或者更大文件的传输是一个相对比较耗时的部分。NCBI提供了3种方式来提交这部分数据：
- 网页形式（包括浏览器上传和Aspera Connect插件上传）；
- Aspera命令行方式提交；
- FTP方式提交。
第一种方式
网页提交应当是用户最熟悉的方式，跟日常上网的操作一样。但是，如果不使用Aspera Connect插件，一次只能提交一个文件。而且整个提交过程中没有进度提示，是最低效率的方式。然而，通过使用Aspera Connect插件，可以同时提交多个文件并看到进度。
一般情况下，使用Aspera插件在网页上提交是最方便的、推荐的上传方式。
不过，有时候由于浏览器、网络等存在问题，浏览器并不能正确调用Aspera软件。那就只能用其它方式传输了。
后面两种，都属于先将文件上传到临时文件夹（preloaded），随后再与SRA中的meta table中的文件列表一一对应起来的方法。
第二种方式
第二种方式是我最近一次使用的方式。当时，在浏览器上无法正确启动Aspera软件，并且使用时出现多次蓝屏。当你选择这种方式，需要打开一个命令行，输入网页上提示的命令即可。
下图即网页上面的提示。注意你需要下载一个key file在命令中使用。同时，还有把所有文件放在一个文件夹中。相应文件夹中的所有文件都会被上传。
命令运行时的界面如下：
这种方式传输速度也很快。我用WIFI是的连接速度在30 Mbps左右。
第三种方式
第三种方式，应当是最传统的文件传输方式，即FTP方式。选择FTP方式时，网页上会显示FTP服务器的地址、用户名、密码、用户目录等信息。需要注意的是，你并没有服务器根目录的访问权限，因此需要在设置FTP服务器时指定目录（FileZilla）。
首先，打开站点管理器，新建站点，填写主机、用户名、密码等信息。
其次，进入“高级”标签页，在上面把用户目录填写上。
这时候就可以连接了。需要注意的是，连接之后，需要在用户目录中新建一个子文件夹（必选操作）。然后才能将文件通过FTP传输到用户目录的新建子文件夹内。
根据我的使用情况，FTP传输的速度只有第二种方法的十分之一不到。除非你网络环境很好，否则不值得推荐。
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综上所述，上传文件首选带有Aspera插件的浏览器模式，其次是Aspera命令行模式，再次FTP模式。