生物软件 BIO-SOFTWARE
静音Office Lens快门声音
2018-03-27
gaoch
𝕆ffice Lens的快门声在一些手机上(比如我的Le2)无法关闭,这严重影响了该软件的使用。在Google上面查找,始终找不到解决方案,而只是一些吐槽。
[…] 大家对微软已经无力吐槽了。
机智如我,自然要想个办法。经过广泛调研,深入研究,最终得到解决方案。
具体思路是:将快门声音对应的音频文件设为无法访问。
安装Root Explorer,定位 …
阅读全文 →
|
Zotero中分类包含子分类
2017-12-04
gaoch
ℤotero中可以将不同文献分门别类,放在不同的文件夹中,称为(collection)。同时文件夹中还可以创建子文件夹,称为subcollection。默认情况下,除非你将对应条目添加到父文件夹中,否则子文件夹中的条目在上一级文件夹中并非是可见的。这不符合我们的使用习惯。
如何在上一级文件夹中包含下属文件夹中的所有文献信息呢?答案就是设置一个参数。
这个参数在高级设置里面。打开方式如下图: …
阅读全文 →
|
Windows系统中固定R的Library目录
2017-11-02
gaoch
每次R语言版本更新,都在Windows下面新安装一个目录,原来的Library无法继续使用。
通过设置R的环境变量,可以实现将R_LIBS_USER固定到一个地方。
在Linux系统中,方法很简单,只需要在~/.Rprofile文件中指定
R_LIBS_USER='~/Library/R' 在Windows下设置R_LIBS_USER的一个途径是 …
阅读全文 →
|
Origin:使用上标、下标、数学公式和希腊字母等特殊格式的文本
2017-06-21
gaoch
𝕆rigin是一个优秀的科学作图软件。在实际使用过程中,经常需要在坐标轴标签(Tick Label,axis label)中使用诸如上标、下标等特殊格式的文本。坐标轴标签可以直接用其中的内置编辑器,然而常用的Tick Label则一直不清楚如何设置。
那么,如何在Tick Label中使用特殊格式的文本呢?答案在于Origin提供的一系列格式化函数中。
[…] 如图所示,Origin …
阅读全文 →
|
Zotero: 标签的使用技巧
2016-12-22
gaoch
选中多个条目,拖动到左侧标签列表中即可。
[…] 用鼠标右键单击任一标签,选择设置颜色,可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个,分别是数字1-6。设置之后,可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签,非常方便。
阅读全文 →
|
适合制作PowerPoint报告时候使用的Zotero引文样式
2016-10-25
gaoch
我定制了一个Zotero样式,特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。
在引用时,显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时,最多仅显示3个作者,多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。
把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。
使用时,先选择一个或多个文献条目,然后点击右键,选择“由所选条目创建引文目录…”。
[…] 在打开的窗口中 …
阅读全文 →
|
STAMP: unknown error – Unicode encode error
2016-05-29
gaoch
𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比,感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果(MiSeq/454)出发直到分析结果的一整套流程,但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy,numpy,matplotlib等Python库的支持,它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 …
阅读全文 →
|
biom 格式
2016-05-26
gaoch
官方网址:http://biom-format.org/index.html
格式说明:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html
biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。
[…] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式,扩展名建议是*.biom, …
阅读全文 →
|
MetaPhlAn:利用宏基因组分析种群结构
2016-03-20
gaoch
宏基因组中包含了环境中各种微生物的基因组信息,理论上可以得出种群结构。该如何利用宏基因组高通量测序数据分析种群结构呢?是不是要从中提取16S rRNA的数据, 组装之后使用Mothur或QIIME分析呢?
MetaPhlAn有一个不一样的想法。
[…] MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of …
阅读全文 →
|
mothur and QIIME
2016-02-09
gaoch
说明:mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理,以飨读者。
原文链接在这里:http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime
以下为原文和大意的翻译。
[…] 译者:这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章,作者系统比较了两个工具的不同。 …
阅读全文 →
|