寒假作业上有一道题：一只猴子有很多桃子，每天都吃一半加 1 个，最后在第 4 天的时候只剩下 1 个桃子。问它原来有几个桃子？ 这是一个迭代的问题，往前数第 \(n\) 天的桃子数量是 \(f(n)\)，且 \(f(n) = (f(n-1)+1) * 2\)。若 \(n = 0\)，则 \(f(0) =1\)。可以写成下面的形式。 taozi = function(n){ if (n == 0) … 阅读全文 →

𝕘gVennDiagram 是一个用于绘制 Venn 图的 R 语言软件包。最初，我只是在需要画 Venn 图的时候，发现没有一件趁手的工具，而最终不得不写了一个给自己用的工具。随后， 抱着试一试的态度发布到了 GitHub 和 CRAN 上面。结果引起了用户持续的关注和好评， 截止今日已经获得了超过 100 个小星星。 […] 在 CRAN 上面也已经被累计下载了 2 万多次了。 … 阅读全文 →

昨天正式发布了 ggVennDiagram 0.5.0. 上一个在 CRAN 的版本是 0.3，之所以中间跳了 一下，是因为当初自己还不清楚如何更新已经发布在 CRAN 上的 R 包。 这次是通过 devtools::release() 来自动化发布的。不得不说这个工具的出现，真的大大 方便了 R 包的开发。对包作者的崇敬之情油然而生。 简单来说还是分成以下几个步骤： […] 新版本 … 阅读全文 →

先载入一个示例数据。该数据是研究摄入 VC 对小鼠牙齿生长作用的实验结果。VC 给药分成两种方式：VC-给予VC药片；OJ-给予相当量的橙汁。给药的量都包括0.5,1,2等三个梯度。 从散点图上看，不同给药量之间应该有显著差异。 data("ToothGrowth") head(ToothGrowth) ## len supp dose ## 1 4.2 VC 0.5 ## 2 … 阅读全文 →

常用的统计方法见下表所示。 […] Mann-Whitney-Wilcoxon检验也被称为Wilcoxon检验。 In statistics, the Mann–Whitney U test (also called the Mann–Whitney–Wilcoxon (MWW), Wilcoxon rank-sum test, or Wilcoxon–Mann–Whitney … 阅读全文 →

本文曾经发表在 biobabble 微信公众号 链接 ggplot在绘制label的时候很容易出现字体溢出，位置难以调整的问题。Y叔曾经在公众号上吐槽过。 实际上，标签如何在图片中展示，还真不是一个简单的问题。有一个领域“Automatic label placement”就是研究该问题的。 下面介绍一下如何处理这个标签定位的问题。 […] 我们从mpg数据集中提取10行数据画图，默 … 阅读全文 →

例如下面这个样子: # 可重复运行的代码拿去 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(ggplot2) data(geneList, package = "DOSE") gene <- names(geneList)[abs(geneList)>3] gene.df <- … 阅读全文 →

ℚuantStudio Real-Time PCR software 是我们经常使用的 RT-PCR 软件, 它上面的可视化只能简单看看, 不满足发论文的需求. 如果需要得到发表级的图片, 还是需要 用 ggplot 大法加持. 为了能够使用这些数据, 首先需要导出文件. 为了方便操作, 文件导出时, 选择 *.txt 格式, 每个面板导出成一个单独文件. 将文件放在 data 文件夹中. … 阅读全文 →

𝕝ibrary(vegan) ## Loading required package: permute ## Loading required package: lattice ## This is vegan 2.6-4 data("varespec") pca <- rda(varespec) 首先看一下结果： summary(pca) ## ## Call: ## … 阅读全文 →

科学计数法（1E+5）这种形式不适合大多数图片。拒绝使用的方法有很多，一个比较简单粗暴的方法是设置scipen参数：options(scipen = 200) 。 非常好用。 阅读全文 →