说明：mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理，以飨读者。 原文链接在这里：http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者：这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章，作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →

在Scientific Reports上面的一篇论文昨天（2015-9-10）上线了。我是第二作者，负责了ChIP-seq实验等少部分实验，全部的生物信息学分析，论文撰写、修订和投稿等事宜。该研究最初投稿的是核酸研究杂志，被拒稿后由我接手，转投Scientific Reports，前后耗费了2个多月终于接受。除了正文中，附件也有不少数据，特别是一个大Table。 … 阅读全文 →

𝕊SPACE是一个常用的Scaffolding软件.当你有新的测序数据时,你可以使用SSPACE将原有的contigs延长,scaffolding等. 在Ubuntu 14.04系统中运行该软件v3.0会出现错误.谷歌也没有发现好的解决方法,最终通过研究源代码,发现这是一个简单的问题,修订源代码之后,终于能够成功运行. 两处修订如下: [cc lang=”perl”] #~ require … 阅读全文 →