上次提及 PCA 分析的方法有很多种。那不同方法之间的得到的结果会有差异吗？ 最近采用 PCA 分析 RNA-seq 样本之间的差异，得到了下面的结果。 […] 生成一个含有 1000 个基因, 27 个样品的数据集. 这 27 个样品来自于 3 个基因型(WT, Mutant1, Mutant2), 3 种处理(CK, Trt1, Trt2), 共分为 \(3 * 3 = 9\) … 阅读全文 →

相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordination analysis）。 排序分析（ordination analysis），最早是生态学（ecology）中研究群落（communities）的一大类多元分析手 … 阅读全文 →

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