𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

𝕊SPACE是一个常用的Scaffolding软件.当你有新的测序数据时,你可以使用SSPACE将原有的contigs延长,scaffolding等. 在Ubuntu 14.04系统中运行该软件v3.0会出现错误.谷歌也没有发现好的解决方法,最终通过研究源代码,发现这是一个简单的问题,修订源代码之后,终于能够成功运行. 两处修订如下: [cc lang=”perl”] #~ require … 阅读全文 →

使用Bio::Tree::Draw::Cladogram 输出的 EPS 文档在很多 EPS 查看软件（如Windows下面的ACDsee，gsView等）中不能打开，经查是由于 BoundingBox 出现浮点数所致，具体设计的代码为 Cladogram.pm 的 new 方法和 print 方法，简便起见，可以在原先的 443 行代码前面添加两行代码，以解决该问题。 如下所示 ： [perl] … 阅读全文 →

先看几个DOI的例子： […] 可以看出，DOI的编码以“10”开始，可以含有数字]0-9]，小数点，斜杠等分隔，但是其中不会出现空格。鉴于此，在perl中使用以下正则表达式匹配： [cc lang=”perl”] $str1 =~ /10\.[^\s\/]+\/[^\s]+/; # borrowed from Zotero $str2 =~ … 阅读全文 →

这两个函数其实是一对孪生函数，它们的作用是恰恰相反的。而我，就一直以为这两个函数的用法相同，其实它们是有很大的不同的。 split的用法 […] split /PATTERN/,EXPR […] [perl]split(/(?=\w)/, ‘hi there!’);[/perl] join的用法 […] join EXPR,LIST […] … 阅读全文 →

在网上看到了一个从国家地理杂志网站下载每日图片的Perl程序。因为网站改版，脚本已经不能正常运行，经过修改后，经测试可以将每日图片下载到当前目录，代码如下： #!/usr/bin/perl # author: # Seraphxby # Purpose: # 查看国家地理每日图片的Perl脚本 # history: # v0.1 first draft # 2010-12-8 modified … 阅读全文 →