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Ubuntu linux下Shell批量重命名文件的实例
2010-12-12
gaoch
将当前目录下面的php文件全部改写为html文件
[bash]
for it in *.php;
do
mv $it “$it.pdf”;
done
[/bash]
将文件名中的URL转义字符%2E修正为点号.
有时候下载的文件名中含有URL的转义字符,如%2E,%2F等
参见附录:URL转义字符。
[bash]
for it in `ls *.pdf|grep “%2E”`;
do
mv $it …
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Perl LWP:从“国家地理每日图片”到“Cell最近一期的封面”
2010-12-08
gaoch
在网上看到了一个从国家地理杂志网站下载每日图片的Perl程序。因为网站改版,脚本已经不能正常运行,经过修改后,经测试可以将每日图片下载到当前目录,代码如下:
#!/usr/bin/perl # author: # Seraphxby # Purpose: # 查看国家地理每日图片的Perl脚本 # history: # v0.1 first draft # 2010-12-8 modified …
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转载:法学博士清华大学王进文 致工学博士潍坊市长许立全先生有关拆迁问题的公开信
2010-12-08
gaoch
(转载之意为:让信息在心间传递,让法律更得威严,别无他意)
1. 尊敬的潍坊市长许立全先生,首先,请允许我以“尊敬的”字眼称呼您,在对您毫无认知,从而无法对您个人及工作做出比较客观的评价之前,出于礼貌,更多的是基于您市长公职的身份和对国家名器的尊重,我觉得用这三个字称呼是比较恰当的。
2. 从更准确的意义上讲,这封公开信并不是专门写给您的,您可以理解成是写给在国家行政序列中,基于您行政身份及职责所 …
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Linux下命令行压缩照片或图片的脚本
2010-11-17
gaoch
硬盘空间不足。
有一些毕业时候拍摄的照片,量很多,每个都有2M多,非常占用空间。在windows下面,常常用光影魔术手进行批处理,在Linux下面,那就用到了imagemagick(翻译过来也是“图片魔术师”——说不定是光影魔术手的祖师爷呢,哈哈)。
安装imagemagick
[bash]
>sudo apt-get install imagemagick
[/bash]
压缩图片
最长边 …
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志哀:2010-11-15 上海大火
2010-11-17
gaoch
事件过去2天了。看着死难人尸体和现场图片,心中感觉怪怪的。看到人们在熏成通体黑色的楼底,放下鲜花,才感觉到一点安慰。
以此日志,致哀!
韩寒的博客:十一月大火的过程
网易图片报道:上海教师公寓火灾全程图片报道
嗨!历史:1911年,一场改变了美国的火灾
Posted from GScribble.
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使用BioPerl和primer3批量设计RT-PCR引物
2010-11-12
gaoch
𝕌pdate:
我已经设置了一个Massive RT-PCR Primer Designer服务,有需要的朋友可以直接去上传自己基因序列的Fasta文件,然后服务器会将引物返回。
关于Missing SEQUENCE tag错误的处理
以下为原文。
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本文介绍批量设计RT-PCR引物的方法,基于Ubuntu 10.10系统 …
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Ubuntu 10.10环境下安装GScribble
2010-10-28
gaoch
𝔾Scibble是Linux下面的优秀的博客程序客户端,比Blogtk界面友好。可以读取Wordpress的分类信息,还可以编辑已发布的条目。
为了在我的Ubuntu 10.10环境下安装该程序,我还是处理了几个小问题,在这里Mark一下。
首先,安装过程中的问题。
安装文件可以从SF下载:http://sourceforge.net/projects/gscribble/
按照安装文 …
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关于GFF3格式
2010-10-28
gaoch
𝔾FF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开。
依次是:
1. reference sequence:参照序列
指出注释的对象。如一个染色体,克隆或片段。可以有多个参照序列。
2. source :来源
注释的来源。如果未知,则用点(.)代替。
3. type :类型
属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参 …
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重新安装bioperl
2010-10-28
gaoch
此文适合一下情况:
更新BioPerl时,想彻底删除旧版程序,安装一个完整的全新BioPerl;
安装BioPerl后出错,需要从头安装。
重新安装时不会自动覆盖老板本,因此需要手动删除以下文件:
bioperl位于以下目录:
/usr/local/man/man3/Bio::*
/usr/local/bin/bp_*
/usr/local/man/man1/bp_* …
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Bio-Rad iQ5 vs. Opticon Monitor
2010-10-22
gaoch
使用 Bio-Rad 两款RT-PCR产品的评价
最近做了两次RT-PCR实验,实验所用的仪器都是伯乐公司的产品,一个小型点的拥有48孔平板,一个大点的有标准的96孔平板。硬件方面操作不必多说,想不到软件居然也不一样。所以这里单独谈谈软件。这两款软件分别是 iQ5 和 Opticon Monitor 。
iQ5 的反应缓慢 所用的文件格式很容易损坏 界面也不友好
Opticon Monitor响应 …
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