𝕊TAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比，感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果（MiSeq/454）出发直到分析结果的一整套流程，但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipy，numpy，matplotlib等Python库的支持，它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章 … 阅读全文 →

官方网址：http://biom-format.org/index.html 格式说明：http://biom-format.org/documentation/biom_format.html biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。 […] 这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式，扩展名建议是*.biom， … 阅读全文 →

ℙowerPoint其实是一个作图神器，加上一点技巧，加上一点耐心，可以作出高水平的科技图片。 PowerPoint 2010版本以后，隐藏了一个“强悍的形状工具”，使得我们可以通过烧脑想想，动手作出很多实用的形状来。打开方法在这里：百度经验 […] 如下图所示，便是绘制一个三角瓶的主要步骤。 很好很强大，是不是？ 阅读全文 →

宏基因组中包含了环境中各种微生物的基因组信息，理论上可以得出种群结构。该如何利用宏基因组高通量测序数据分析种群结构呢？是不是要从中提取16S rRNA的数据， 组装之后使用Mothur或QIIME分析呢？ MetaPhlAn有一个不一样的想法。 […] MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of … 阅读全文 →

𝕁udging by what you write me, and by what I hear, I am forming a good opinion regarding your future. You do not run hither and thither and distract yourself by changing your abode; for such … 阅读全文 →

说明：mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理，以飨读者。 原文链接在这里：http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者：这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章，作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 虽然方法简单、上手快，但是由于 BioEdit 功能有限，使用起来很不方便。如果经常进行类似分析，那还是要使用 MEGA 6 这一个系统进化分析的“大杀器”。 第一步：下载和安装 MEGA 6。各平台均有发行版，在此不再赘述。 第二步：多序列比对，这是构建系统进化树的必要条件。 点击第一个按钮，选择 Edit/Build Alignment。 正如题目所说 … 阅读全文 →

𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

送样测序的时候，测序公司会问你是否要从两端测通？如果你选择两端测通，可能会得到两个序列（也可能测序公司已经帮你拼接成一条序列了），这时候你需要将这两条序列拼接起来。 我们使用ContigExpress这个程序来完成这一任务。 ContigExpress是Vector NTI© Software中的一个组件，可以在这里下 … 阅读全文 →

𝔹ioPerl has a Genbank –> GFF converter (the script is bp_genbank2gff3.pl), however, this converter generated GFF/GTF file could not work in Bioconductor when using the function maketxdbfromGFF to … 阅读全文 →