说明：mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理，以飨读者。 原文链接在这里：http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者：这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章，作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 虽然方法简单、上手快，但是由于 BioEdit 功能有限，使用起来很不方便。如果经常进行类似分析，那还是要使用 MEGA 6 这一个系统进化分析的“大杀器”。 第一步：下载和安装 MEGA 6。各平台均有发行版，在此不再赘述。 第二步：多序列比对，这是构建系统进化树的必要条件。 点击第一个按钮，选择 Edit/Build Alignment。 正如题目所说 … 阅读全文 →

𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

送样测序的时候，测序公司会问你是否要从两端测通？如果你选择两端测通，可能会得到两个序列（也可能测序公司已经帮你拼接成一条序列了），这时候你需要将这两条序列拼接起来。 我们使用ContigExpress这个程序来完成这一任务。 ContigExpress是Vector NTI© Software中的一个组件，可以在这里下 … 阅读全文 →

𝔹ioPerl has a Genbank –> GFF converter (the script is bp_genbank2gff3.pl), however, this converter generated GFF/GTF file could not work in Bioconductor when using the function maketxdbfromGFF to … 阅读全文 →

𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

之前设置WordPress使用阿里云OSS存储图片，今天出问题了。设置方法在这里 错误提示：cannot access oss: Transport endpoint is not connected 解决方案如下： […] [cc lang=”bash”] umount /mnt/oss service cloudfs restart chmod 666 /mnt/oss … 阅读全文 →

在PubMed中按影响因子查看文献。使用自定义的Filter，能够帮助你快速定位重要文献，排除小文章。 最终的结果像这个样子，在你的PubMed搜索结果中，会出现“IF>2”，“IF>5”，“IF>10”等选项。 设置步骤如下： 1）登录NCBI账号，如果没有，就注册一个。 2）在PubMed中随意搜索，过滤器会显示在结果右侧。 3）点击“Manage Filter”，进入设置页 … 阅读全文 →

在Scientific Reports上面的一篇论文昨天（2015-9-10）上线了。我是第二作者，负责了ChIP-seq实验等少部分实验，全部的生物信息学分析，论文撰写、修订和投稿等事宜。该研究最初投稿的是核酸研究杂志，被拒稿后由我接手，转投Scientific Reports，前后耗费了2个多月终于接受。除了正文中，附件也有不少数据，特别是一个大Table。 … 阅读全文 →

友情提示：依本文拆机相机未获修复的，不承担连带责任哦！ 按：我的富士F60fd镜头落地摔歪了，所以才拆机。 […] 去掉侧面板 去掉显示屏 去掉金属板 […] 主板有上下两块，之间由插槽接口连接，小心撬开主板，去掉排线，拿下主板。 这个是取下的主板。 […] 摘下排线，取下镜头组件。 这是镜头组件，含有镜头、快门、CCD等元件。 […] 揭下 … 阅读全文 →