𝕂eep on as you have begun, and make all possible haste, so that you may have longer enjoyment of an improved mind, one that is at peace with itself. Doubtless you will derive enjoyment during the time … 阅读全文 →

本文曾经发表在 biobabble 微信公众号 链接 ggplot在绘制label的时候很容易出现字体溢出，位置难以调整的问题。Y叔曾经在公众号上吐槽过。 实际上，标签如何在图片中展示，还真不是一个简单的问题。有一个领域“Automatic label placement”就是研究该问题的。 下面介绍一下如何处理这个标签定位的问题。 […] 我们从mpg数据集中提取10行数据画图，默 … 阅读全文 →

𝕋ibble 和 Data.frame 一般可以通用，但是 Tibble 中含有的分组信息，如果不注意，有时可能会引起错误。 […] > error_rate_summary # A tibble: 81 x 8 # Groups: enzyme, nps [27] id enzyme nps rep type Error_Rate mean std <fct> … 阅读全文 →

本文是我在华中农业大学JC Bioinformatics 2018暑期生物信息学培训班上的讲义 […] 原核转录组课程讲授利用RNA-seq方法研究细菌基因组中基因表达差异的原理和方法。课程中不仅介绍了RNA-seq生物信息学分析的内容，还对RNA-seq的原理、文库构建等湿实验进行解读。 为了降低学习门槛，课程中的实例取自公开发表的细菌基因组，但是这不意味着相关原理和方法不能应用于 … 阅读全文 →

服务器网页显示：内部错误500，在日志文件中：/var/log/apache2/error.log提示以下错误： Invalid command 'php_value', perhaps misspelled or defined by a module not included in the server configuration Google了半天，没有查到可用的解决方案。考虑到之前做了服务 … 阅读全文 →

腾讯云开发平台几大优势： […] 对于已有的Git项目，可以通过下列途径关联。 # 首先在服务器控制面板创建一个同名项目 # 参考这里：https://dev.tencent.com/help/git-import-tencentcloud # 事实上，不用这么麻烦 git remote rm origin git remote add origin … 阅读全文 →

今天发表评论的时候发现服务器报错HTTP ERROR 405，查了一下Google没发现什么解决办法。索性就坡下驴，转换为DISQUS评论系统。 在插件中搜索Disqus，安装之。随后在后台菜单侧栏会出现Disqus标签（我在设置里面找了半天会告诉你吗），然后根据向导操作即可。 安装完成后，自动取代WordPress自带的评论功能，还可以一键导入WordPress已有评论，简直不能太方便。 OK， … 阅读全文 →

既然说到 Git，GitHub 你一定是了解的。GitHub 对于私有仓库是收费的。如果你项目还在进行中，需要一个仓库却又不想付高昂的服务费。使用自己的服务器当然也是可以的，而且很方便。 自己的服务器可以是阿里云这样的主机服务商，也可以是你能访问的任意一台Linux主机。只要能够 SSH 登录即可。 […] 如果你的文件目前存储在服务器端，想在本地开展工作并使用服务器同步更新，可以参 … 阅读全文 →

例如下面这个样子: # 可重复运行的代码拿去 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(ggplot2) data(geneList, package = "DOSE") gene <- names(geneList)[abs(geneList)>3] gene.df <- … 阅读全文 →

𝕧egdist 提供了多个计算差异度的算法。这些算法自然是各有各的适用范围。对于同一个数据集，其结果有什么直观上的差异呢？ library(vegan) library(pheatmap) library(cowplot) data("varespec") dist.methods <- c("manhattan", … 阅读全文 →