说明：mothur的官博上比较了mothur和QIIME这两个微生物生态学研究的常用软件之间存在的差异。博主略作整理，以飨读者。 原文链接在这里：http://blog.mothur.org/2016/01/12/mothur-and-qiime 以下为原文和大意的翻译。 […] 译者：这是mothur博客上一篇关于QIIME的文章，作者系统比较了两个工具的不同。 … 阅读全文 →

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 虽然方法简单、上手快，但是由于 BioEdit 功能有限，使用起来很不方便。如果经常进行类似分析，那还是要使用 MEGA 6 这一个系统进化分析的“大杀器”。 第一步：下载和安装 MEGA 6。各平台均有发行版，在此不再赘述。 第二步：多序列比对，这是构建系统进化树的必要条件。 点击第一个按钮，选择 Edit/Build Alignment。 正如题目所说 … 阅读全文 →

𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

𝔹ioPerl has a Genbank –> GFF converter (the script is bp_genbank2gff3.pl), however, this converter generated GFF/GTF file could not work in Bioconductor when using the function maketxdbfromGFF to … 阅读全文 →

𝕃ike the previous Genbank -> GTF converter, this script is also depended on BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system (Install BioPerl). To check whether BioPerl is … 阅读全文 →

在PubMed中按影响因子查看文献。使用自定义的Filter，能够帮助你快速定位重要文献，排除小文章。 最终的结果像这个样子，在你的PubMed搜索结果中，会出现“IF>2”，“IF>5”，“IF>10”等选项。 设置步骤如下： 1）登录NCBI账号，如果没有，就注册一个。 2）在PubMed中随意搜索，过滤器会显示在结果右侧。 3）点击“Manage Filter”，进入设置页 … 阅读全文 →

𝕗astq格式与fasta格式相同的一点在于它们都是文本格式，不同之处在于前者提供了测序质量等更多的信息，而后者仅仅能提供序列（前者也提供序列）。 […] FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its … 阅读全文 →

什么是Bowtie？What is Bowtie？ […] Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner geared toward quickly aligning large sets of short DNA sequences (reads) to large genomes. It aligns … 阅读全文 →

𝔽ollowing is a brief description of the SAM format as output by bowtie when the -S/–sam option is specified. For more details, see the SAM format specification. When -S/–sam is specified, bowtie … 阅读全文 →

添加项目时，Zotero默认将关键词以Tag的形式加入，这样可以快速的查看与某一关键词相关的条目。可是自动加入的Tag或关键词有太多太多，时间一长，Zotero数据库中会产生成百上千个关键词或Tag，导致其失去了便于检索的应用价值。 所以，建议在取消该选项，而改为人工添加更加简单易记的关键词或Tag。 那么，对于已经存在的Tag如何一下子全部删除呢？按照下面的步骤操作即可。 […] … 阅读全文 →