使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 虽然方法简单、上手快，但是由于 BioEdit 功能有限，使用起来很不方便。如果经常进行类似分析，那还是要使用 MEGA 6 这一个系统进化分析的“大杀器”。 第一步：下载和安装 MEGA 6。各平台均有发行版，在此不再赘述。 第二步：多序列比对，这是构建系统进化树的必要条件。 点击第一个按钮，选择 Edit/Build Alignment。 正如题目所说 … 阅读全文 →

𝕋he Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). … 阅读全文 →

送样测序的时候，测序公司会问你是否要从两端测通？如果你选择两端测通，可能会得到两个序列（也可能测序公司已经帮你拼接成一条序列了），这时候你需要将这两条序列拼接起来。 我们使用ContigExpress这个程序来完成这一任务。 ContigExpress是Vector NTI© Software中的一个组件，可以在这里下 … 阅读全文 →

𝕊SPACE是一个常用的Scaffolding软件.当你有新的测序数据时,你可以使用SSPACE将原有的contigs延长,scaffolding等. 在Ubuntu 14.04系统中运行该软件v3.0会出现错误.谷歌也没有发现好的解决方法,最终通过研究源代码,发现这是一个简单的问题,修订源代码之后,终于能够成功运行. 两处修订如下: [cc lang=”perl”] #~ require … 阅读全文 →

添加项目时，Zotero默认将关键词以Tag的形式加入，这样可以快速的查看与某一关键词相关的条目。可是自动加入的Tag或关键词有太多太多，时间一长，Zotero数据库中会产生成百上千个关键词或Tag，导致其失去了便于检索的应用价值。 所以，建议在取消该选项，而改为人工添加更加简单易记的关键词或Tag。 那么，对于已经存在的Tag如何一下子全部删除呢？按照下面的步骤操作即可。 […] … 阅读全文 →

𝔹ioEdit是一个功能很强大的生物学软件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比对，质粒图谱的绘制，查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。（另请参考：进化树大杀器MEGA的使用） 首先，打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示： 然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”，会弹出下一个对话框，设置一些程序运行的参数。 … 阅读全文 →

为了检查BioPerl是否安装正确，我们可以使用perldoc命令来看一下。 如果你是Linux系统，随意打开一个终端；如果用的是Windows系统，那么打开命令提示符。输入以下命令： [bash] perldoc Bio::SeqIO [/bash] 以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在，如果存在，则会有相应的文档输出，则你安装Bio::SeqIO模块；如果没有，说 … 阅读全文 →

此文适合一下情况： 更新BioPerl时，想彻底删除旧版程序，安装一个完整的全新BioPerl； 安装BioPerl后出错，需要从头安装。 重新安装时不会自动覆盖老板本，因此需要手动删除以下文件： bioperl位于以下目录： /usr/local/man/man3/Bio::* /usr/local/bin/bp_* /usr/local/man/man1/bp_* … 阅读全文 →

使用 Bio-Rad 两款RT-PCR产品的评价 最近做了两次RT-PCR实验，实验所用的仪器都是伯乐公司的产品，一个小型点的拥有48孔平板，一个大点的有标准的96孔平板。硬件方面操作不必多说，想不到软件居然也不一样。所以这里单独谈谈软件。这两款软件分别是 iQ5 和 Opticon Monitor 。 iQ5 的反应缓慢 所用的文件格式很容易损坏 界面也不友好 Opticon Monitor响应 … 阅读全文 →